С 1715 года все центральные учреждения начали сосредотачиваться в Петербурге и разделяться на устроенные коллегиально ведомства. Конечно, Петру приходит мысль включить на тех же основаниях в механизм государственного управления и управление церковью. В 1718 году местоблюститель патриаршего престола, временно пребывавший в Петербурге, получает указ его величества – «жить ему в Петербурге постоянно и архиереям приезжать поочередно в Петербург же, против того, как в Москву приезжали». Это вызвало недовольство митрополита, на что Петр ответил резко и сурово и впервые высказал мысль о создании Духовной коллегии.

Ключевой фигурой в деле организации Духовной коллегии стал малороссийский богослов, ректор Киево-Могилянской академии Феофан Прокопович. Петр встретил его в 1706 году, когда он при закладке Печерской крепости в Киеве говорил встречную государю речь.

В 1711 году Феофан состоял при Петре в Прусском походе. Первого июня 1718 года он был наречен в псковские епископы, а на следующий день он посвящен в архиерейский сан в присутствии государя. Прокоповичу было поручено составление проекта создания Духовной коллегии.

25 января 1721 года Петр подписал манифест об учреждении Духовной коллегии, получившей вскоре новое наименование Святейшего синода. Заблаговременно созванные члены Синода принесли 27 января присягу, и 14 февраля произошло торжественное открытие нового управления церковью.

Синод стал вскоре послушным орудием в руках государя. Вместе с клятвой в верности служения своему делу, члены Синода клялись в верности служения царствующему государю.

Президентом Синода был назначен митрополит Стефан. За весь 1721 год Стефан в Синоде был только 20 раз. Никакого влияния на дела он не имел.

Вице-президентом был назначен человек, безусловно преданный Петру, – Феодосий, архиерей Александро-Невского монастыря.

По устройству канцелярии и делопроизводства Синод напоминал Сенат и коллегии, со всеми заведенными в этих учреждениях чинами и обычаями. Так же, как и там, Петр позаботился об устройстве надзора за деятельностью Синода.

11 мая 1722 года было приказано присутствовать в Синоде особому обер-прокурору. Первым обер-прокурором Синода был назначен полковник Иван Васильевич Болтин. Главной обязанностью обер-прокурора было вести все сношения Синода с гражданской властью и голосовать против решений Синода, когда они не согласовывались с законами и указами Петра. Сенат дал обер-прокурору особую инструкцию, являвшуюся почти полной копией с инструкции генерал-прокурору Сената.

Так же, как и генерал-прокурор, обер-прокурор Синода называется инструкцией «оком государевым и стряпчим о делах государственных». Обер-прокурор подлежал суду только государя. Сначала власть обер-прокурора была исключительно наблюдательная, но мало-помалу обер-прокурор становится вершителем судеб Синода и его руководителем на деле.

Как в Сенате подле должности прокурора стояли фискалы, так и в Синоде был поставлены духовные фискалы, называвшиеся инквизиторами, с протоинквизитором во главе. Инквизиторы должны были тайно наблюдать за правильным и законным течением дел церковной жизни. Канцелярия Синода была устроена так же по образцу Сената и подчинена обер-прокурору.

Синод должен был искоренять суеверия, устанавливать подлинность чудес новоявленных икон и мощей, наблюдать за порядком церковных служб и их правильностью, оберегать веру от пагубного влияния лжеучений, для чего наделялся правом суда над раскольниками и еретиками, иметь цензуру над всеми «историями святых» и всякого рода богословскими сочинениями, наблюдая, чтобы не прошло чего-либо противного православному вероучению. Синоду же принадлежит разрешение «недоуменных» случаев пастырской практики в делах христианской веры и добродетели.