В 1864 году император Александр II утвердил «Правила» о старообрядцах. Старообрядческим толкам, лояльным к светской власти, дозволялось свободно отправлять богослужение, открывать школы, занимать общественные должности, выезжать за границу. По существу произошла легализация «раскола» и прекратились гонения на старообрядцев, происходившие при императоре Николае I.

Поместный Собор Русской Православной Церкви, состоявшийся в 1971 году, признал неправоту Московского Собора 1656 года и Большого Московского Собора 1667 года, «узаконивших» раскол. Анафемы на приверженцев старых обрядов, произнесенные на этих соборах, были признаны «яко не бывшими», а сами старые обряды равночестными с принятыми в Русской Православной Церкви. Следует помнить, что взятые в отдельности обряды нимало не спасительны. По приблизительным оценкам последователей старообрядчества насчитывается около двух миллионов человек.

Русские цари, при укреплении своей власти, стремились к реформированию Церкви. Еще при царе Алексее Михайловиче был прекращен переход земли в собственность духовенства, и признанные тяглыми землями, очутившиеся в руках духовенства, возвращены обратно в тягло[11].

В 1687 году Русская церковь в Польше воссоеденилась с Русской церковью Московского Патриархата. В российский епископат вошли по-западному образованные малороссийские православные архиереи, некоторые из них сыграли ключевую роль в церковных преобразованиях Петра I.

Неверующим царь Петр не был, скорее он принадлежал к числу тех, кого называют равнодушными к делам веры. Но с течением времени недовольство Петра русским духовенством усиливалось. Он привык большую часть своих неудач во внутренних делах государства приписывать тайному противодействию духовенства и решил обезвредить это противодействие, проводя реформы, относящиеся к устройству Российской Церкви, а именно:

1. Устранение возможности вырасти русскому папе – «второму государю, самодержцу равносильному или большему», каким мог стать, а в лице патриархов Филарета и Никона до известной степени становился московский патриарх;

2. Подчинение церкви монарху. Духовенство Петр воспринимал как «не есть иное государство», которому «наравне с другими сословиями» должно подчиняться общим государственным законам.

Путешествия Петра по протестантским странам Европы еще более усилили его взгляды на отношение государства и церкви. Со вниманием Петр слушал советы Вильгельма Оранского в 1698 году во время своих неофициальных встреч, устроить Церковь в России на манер Англиканской, объявив себя ее Главою.

Чрезвычайно болезненным для высшего духовенства стало дело царевича Алексея, с которым многие духовные лица связывали надежды на восстановление былых обычаев. Бежав в 1716 году за границу, царевич поддерживал сношения с митрополитом Крутицким Игнатием (Смолой), митрополитом Киевским Иоасафом (Краковским), епископом Ростовским Досифеем и др. Главной причиной измены сына Петр считал «:беседы с попами и чернецами». По результатам следствия, на духовных лиц, уличенных в связях с царевичем, обрушились кары: епископ Досифей был лишен сана и казнен, а также духовник царевича, протопоп Иаков Игнатьев и близкий к первой супруге Петра, царице Евдокии, ключарь собора в Суздале Феодор Пустынный. Митрополит Иоасаф был лишен кафедры и, вызванный на допрос, скончался по пути из Киева.

Все время подготовки реформирования церковного управления, Петр I постоянно обращался к восточным патриархам – прежде всего Иерусалимскому патриарху Досифею – по различным вопросам духовного и политического характера. К Вселенскому патриарху Косме обращался и с частными духовными просьбами, например за разрешением ему на «мясоястие» во время всех постов. Петру было удобнее решать вопросы духовного характера с восточными патриархами, поскольку они находились в значительной мере на содержании московского правительства (а патриарх Досифей де-факто был в течение нескольких десятилетий политическим агентом и информатором российского правительства обо всем, что происходило в Константинополе), нежели со своим, порою строптивым, духовенством.