В начале 1895 г. Франц Фердинанд страдал от туберкулеза и был окружен вниманием Айзенменгера. Доктор заметил, что его императорский пациент проводит часы за написанием загадочных писем и каждое утро с нетерпением ждет новую почту. «Даже небольшая задержка корреспонденции начинала волновать его, и является несомненным, что от этих писем напрямую зависело его настроение», – рассказывал он. Айзенменгер не знал, что письма были от Софии. Переписка продолжалась, и когда эрцгерцог отправился в Египет. Они встретились снова в мае 1896 г., хотя и только формально, когда София сопровождала Изабеллу в Вене на похоронах Карла Людвига.

Прошло шесть лет с того момента, как Франц Фердинанд встретил свою богемскую графиню. Их роман развивался, по-видимому, достаточно безобидно и оставался незамеченным в доме Фридриха и Изабеллы. Франц Фердинанд был внимателен, общителен и, казалось, полностью счастлив в кругу их семьи, но на самом деле он использовал все возможности, чтобы быть рядом со своей графиней. Амбициозная графиня была само радушие, называя эрцгерцога «Дорогой Франци», и продолжала тайно мечтать о нем как о своем зяте. «Мне было очень приятно узнать о том, что ваше здоровье улучшается, как говорят со всех сторон, – писала она. – Видимо, был лишь небольшой рецидив вашей болезни. Я надеюсь, что теперь вы чувствуете себя достаточно хорошо? Это делает меня очень счастливой, как и некоторые другие новости. Могу ли я вас попросить что-нибудь написать мне в ответ?»

Когда 1896 г. подошел к концу, София стала еще более доступной для ее обожателя герцога. После окончания дипломатической службы здоровье ее отца графа Богуслава стало стремительно ухудшаться; в октябре 1896 г. он умер в частной клинике в Гёрлице; его тело возвратили на родину для захоронения в Waltirsche, рядом с семейным поместьем в Grosspriessen. Ее сестра Антония была замужем за бароном Адамом фон Вюртенау (Adam von Wurthenau), но Октавия и Генриетта оставались дома и оказались сейчас без средств к существованию. София помогала им как могла, но основное финансовое бремя легло на плечи ее брата Вольфганга. Оказавшись не в состоянии содержать их на свой скромный оклад государственного служащего, он обратился в Императорское Министерство иностранных дел «с просьбой о милосердии» от их имени. Ему было предоставлено на их содержание 1200 крон (около $6000 в пересчете на 2014 г.) в год.

Какой представлялась София, оказавшаяся в такой ситуации, растревоженному воображению Франца Фердинанда? София приняла образ идеальной героини: сирота, оказавшаяся во власти Изабеллы, «злой мачехи», графиня без понятного будущего. Возможно, что для Франца Фердинанда, в свете рыцарских взглядов, София казалась тревожно хрупким, нуждающимся в защите существом. Его растущая любовь соответствовала чувствам сказочного принца этой истории. И по всей видимости, это была настоящая любовь. В эти годы эрцгерцог по-прежнему страдал от туберкулеза, но София рискнула всем, ставя свое будущее на его выздоровление. Она ждала этого, не зная, что будет делать, если в один из дней ей скажут, что Франц Фердинанд окончательно поддался болезни. Даже если этого не случится – был ли шанс, что он когда-нибудь сможет жениться на ней? Как бы она поступила, если бы в ее жизни появился другой молодой человек, готовый жениться на ней и обеспечить ее будущее? Но если бы это произошло, похоже, что она отвергла бы его. Вся ее будущая жизнь была в руках эрцгерцога. Но София оставалась решительной и смелой, продолжая надеяться вопреки всему, и каким-то непостижимым образом судьба улыбнулась их роману.