Святитель Филарет (Дроздов), принимавший активное участие в разработке этой реформы на последнем этапе (1814), составил «эталонный» богословский курс для преобразованных духовных академий. Одной из частей указанного курса было богословие деятельное (theologia practica), под которым понималось практическое применение христианских догматов в жизни человека, т. е. нравственное богословие. Богословие пастырское (theologia pastoralis) святитель Филарет считал неразрывно связанным с богословием деятельным, поэтому не придавал ему статуса особой части. В качестве учебной книги для этого раздела святитель рекомендовал сочинение «О должностях пресвитеров приходских».
До начала 1830-х гг. пастырское богословие оставалось в составе деятельного (нравоучительного) богословия, не имея самостоятельного названия ни в учебных планах, ни в отчетах духовных школ, ни в донесениях ревизоров. С начала 1830-х гг. оно стало приобретать более самостоятельные контуры в курсах нравственного богословия, и сами курсы постепенно получили и в семинариях, и в академиях двойное наименование: нравственное и пастырское богословие. Однако в 1830–1840-х гг. бывали случаи соединения пастырского богословия и с другими частями богословского курса. Так, например, в МДА в 1836–1842 гг. иеромонах Платон (Фивейский) преподавал церковное красноречие и «учение о пастырях Церкви», в то время как нравственное богословие преподавали инспекторы архимандрит Гедеон (Виноградов) (1836–1838) и архимандрит Евсевий (Орлинский) (1838–1841).
Систематические курсы пастырского богословия появились лишь к началу 1850-х гг. В 1851 г. было издано «Пастырское богословие» ректора КДА архимандрита Антония (Амфитеатрова)[16]. Указав на Божественное происхождение пастырского служения, автор выделял три его аспекта: совершение таинств, учительство и руководство паствой. Были отмечены физические и душевные качества, необходимые священнику; обращено внимание на признаки призвания к пастырству.
Двумя годами позднее был издан одноименный курс инспектора и преподавателя нравственного и пастырского богословия СПбДА архимандрита Кирилла (Наумова)[17]. Пытаясь определить суть самой дисциплины пастырского богословия («систематическое изложение нравственных обязанностей пастыря»), архимандрит Кирилл придерживался ее «нравственной» составляющей. Однако сам курс был шире определения и состоял из трех частей: общего учения о священстве; изображения пастырских качеств и обязанностей; «наставления» по пастырскому служению.
К концу 1850-х гг. в духовных академиях сформировался блок предметов, так или иначе связанных с пастырско-приходской деятельностью. Выделились: наука о православном богослужении, гомилетика или церковное проповедничество, каноническое право или церковное законоведение. Часть пастырского богословия была присоединена к педагогике, введенной в эти годы в академиях, в виде «пастырской педагогики». Оформление «пастырского блока» с особой остротой поставило вопрос о значении его средоточия – пастырского богословия.
В конце 1850-х – начале 1860-х гг. определенное содействие развитию пастырского богословия оказывали и церковные периодические издания, прежде всего журналы, издаваемые духовными академиями: «Христианское чтение» (СПбДА, с 1821 г.), «Воскресное чтение» (КДА, с 1837 г.), «Творения Святых Отцов в русском переводе» с «Приложениями» (МДА, с 1843 г.), «Православный собеседник» (КазДА, с 1855 г.), «Труды Киевской духовной академии» (КДА, с 1860 г.). В этих журналах печатались переводы святоотеческих творений, посвященных пастырскому служению: «Слова о священстве» святителя Иоанна Златоуста, «Правило пастырское» святителя Григория Двоеслова, «О должностях священнослужителей» святителя Амвросия Медиоланского, «О жизни клириков» блаженного Иеронима Стридонского, «Слово защитительное» святителя Григория Богослова и др. Кроме того, на страницах этих изданий появлялись статьи по отдельным проблемам пастырского служения. С 1860 г. при Киевской духовной семинарии стал издаваться журнал «Руководство для сельских пастырей», посвященный практической деятельности священника. В конце 1850-х – начале 1860-х гг. был издан ряд книг, также посвященных практической стороне пастырского служения.