Размах и характер переживаемого нами глубочайшего культурного переворота особенно проявляются в научной книге. Строить социализм мы будем на научной основе, на основе марксистской теории и марксистской переработки всего великого, накопленного наукой» (Госиздат за 5 лет, 1922).
На новом поприще у Шмидта порой возникали непростые ситуации, как, например, с изданием книги А.Л. Чижевского «Физические факторы исторического процесса», находившейся, как показывает ее заголовок, на стыке естественных и общественных наук. Возникающие при этом коллизии характерны как для прошлого, так и для современности. Как правило, подобные ситуации отличаются крайностями как сторонников, так и противников различных взглядов. В ту пору идеи Чижевского поддержали физик академик П.П. Лазарев, нарком просвещения А.В. Луначарский, физиолог и врач академик В.Я. Данилевский и его коллега В.М. Бехтерев и даже престарелый бывший народоволец Н.А. Морозов. Это вовсе не означало, что взгляды Чижевского получили всеобщее признание. Например, его противниками до конца оставались не менее авторитетные в науке биолог академик М.М. Завадовский и его брат и коллега Б.М. Завадовский.
Со слов П.П. Лазарева известно, что Шмидт в описанном случае возражал против объяснения активности народных масс следствием изменений солнечного излучения, что, по его мнению, принижало роль рабочего класса. За это Лазарев назвал Шмидта «пламенным ортодоксом»… В итоге, при встрече с Чижевским Шмидт известил его: «Госиздат, к сожалению, сейчас не может взяться за публикацию вашего дискуссионного труда по уважительным причинам… Не сердитесь, прошу вас, на меня. Я огорчен, что не могу быть вам полезным как заведующий Госиздатом». Главной среди «уважительных причин» была грядущая отставка Шмидта по требованию Сталина из-за издания работ Троцкого. А кто в середине 20-х годов мог определить, за кем будущее – за Троцким или за Сталиным? Очевидно, уже в ту пору мнение преемника Ленина на посту пролетарского вождя перевешивало точку зрения всех оппонентов из числа перечисленных выше. Видимо, это первый контакт (пока не непосредственный) будущего академика и всенародного героя с Великим Диктатором. Но не последний, как показало будущее. Известно, что товарищ Сталин не забывал чужих прегрешений…
Книга Чижевского была опубликована в 1924 году в Калуге в частном издательстве. В том же году Шмидт оставил руководство Госиздатом после резких расхождений в оценке деятельности этой организации в правительстве, предварительно заявив: «У нас, в сущности, продолжается военный коммунизм. Мы, не имея достаточного капитала, все время занимаемся тем, что составляем и пересоставляем планы, точно Компрод в 1918 году. В этом смысле – это прошлое, но в то же время это и настоящее» (Там же, ф. 422, л. 2). Как считает Матвеева, «слишком прямое и честное выступление О.Ю. Шмидта не осталось без внимания. Через 10 дней после совещания 20 ноября 1924 года. Наркомпрос освободил О.Ю. Шмидта от должности заведующего Госиздатом с оставлением за ним других обязанностей по Наркомпросу» (2006, с. 102).
Не справившись, по сути дела, с ролью советского и партийного пропагандиста в Госиздате, Шмидт гораздо успешнее проявил себя в руководстве изданием Большой Советской энциклопедии. Она строилась, с одной стороны, на базе обязательного марксистско-ленинского мировоззрения, а с другой, – с учетом требования дать доступное чтение широким слоям трудового народа – не слишком образованного, но стремящегося к знанию. В таком контексте советское государство могло расщедриться, отпустив необходимые средства, а многочисленные представители интеллигенции, выжившие в нечеловеческих условиях Гражданской войны (не эмигрировавшие или не высланные на «философском пароходе»), могли рассчитывать на достойную работу по просвещению и образованию собственного народа.