Иного мнения придерживался император Николай II, полагавший, что Япония истощена своей удачной войной гораздо больше, чем Россия своей неудачей. Император настаивал на необходимости затягивания военных действий, что, по его мнению, должно обязательно привести к победоносному завершению войны. И все же под давлением обострившейся революционной ситуации в стране и настоятельных советов глав иностранных союзных правительств летом 1905 года царь вынужден согласиться начать в Портсмуте мирные переговоры с Японией. Для их ведения был назначен статс-секретарь С. Ю. Витте – давний противник этой войны. Вместе с тем, давая согласие на мирные переговоры, Николай II в душе еще надеялся, что из этого ничего не выйдет, переговоры не состоятся, а война будет продолжена. Однако, когда японцы проявили, не без давления Англии и США, желание заключить мир и приняли все условия Витте, Николай II подписал мир, но, как заявляли свидетели, сам при этом находился в глубоком отчаянии. Придворный историк Ольденбург, хотя и приписывал столь успешное заключение мира мудрости царя, в то же время писал, что «если бы в тот период в России не было "пораженца" Витте, то Николай II, вероятно, продолжил бы войну до победного конца».

Министр иностранных дел С. Ю. Витте подписывает мирный договор с Японией. Рисунок 1905 года с автографом С. Ю. Витте

Согласно Портсмутскому договору, Россия сохраняла свое великодержавное положение на Дальнем Востоке, рассчитавшись за полное и позорное поражение лишь уступкой Японии южной половины Сахалина до 50-й параллели, с прилегающими островами и всем государственным имуществом. Площадь и население аннексируемой Японией территории были не столь велики, но она имела серьезное стратегическое и экономическое значение (блокада японцами Татарского пролива и потеря богатых месторождений полезных ископаемых в этой части острова). И все же, что бы там ни говорили, С. Ю. Витте вопреки воле царя блестяще провел мирные переговоры и вынудил императора пожаловать ему графский титул. Царское окружение тут же присвоило ему обидное прозвище – «Граф Полусахалинский».

«Биржевые новости» 16 сентября 1905 года сообщали о торжественной встрече в Петербурге статс-секретаря С. Ю. Витте. Петербуржцы, встретив статс-секретаря на вокзале, ликовали и выражали глубокую благодарность человеку, положившему конец долгой кровопролитной и в высшей степени непопулярной войне. Площадь перед вокзалом запрудила тысячная толпа. В приветственной речи говорилось: «Россия обязана этому человеку мирным согласованием с Японией. Родина избавлена от кровопролитной войны и при всем этом сохранила свое национальное достоинство. Пушечный выстрел в Портсмуте в момент подписания договора небывалым эхом отозвался по всему миру. Вся Русь, от мала до велика, обнажая головы, благоговейно обращается с благостной молитвой ко Всевышнему».

1 октября 1905 года все газеты России опубликовали царский манифест: «Божею Милостью Мы, Николай Второй… объявляем: В 23-й день августа сего года, с соизволения Нашего заключен Нашим уполномоченным в Портсмуте и в 1-й день октября утвержден Нами мирный договор между Россией и Японией. Николай».

В России было неспокойно. Во всех ее городах – стачки рабочих, забастовки на фабриках и заводах.

В среду, 12 октября, Николай II с горечью записал в дневнике: «Забастовки на железных дорогах, начавшиеся вокруг Москвы, дошли до Петербурга, и сегодня забастовала Балтийская… Для сообщения с Петергофом два раза в день начали ходить "Дозорный" и "Разведчик". Милые времена!!.». Политическая стачка оказала огромное влияние на армию и флот – опору трона. По всем флотам прокатилась мощная волна восстаний. Начало положил Кронштадт – главная база Балтийского флота. Не успело правительство подавить восстание на Балтике, как через несколько дней – 30 октября 1905 года – на другом конце империи, где в бухте Золотой Рог на якоре стоял крейсер «Алмаз», вспыхнуло восстание Владивостокского экипажа. Через Владивосток возвращались из плена тысячи солдат и матросов. Озлобленные бессмысленной бойней, испытавшие на себе горечь унизительного поражения, они требовали срочной демобилизации. Комендант крепости Владивосток, генерал Казбек, давая в своем рапорте характеристику Сибирскому флотскому экипажу, отмечал, что его матросы отличаются «в худшую сторону» даже по сравнению с черноморскими и балтийскими бунтовщиками. От нового командира «Алмаза» капитана 2-го ранга Угрюмова в Петербург пошла депеша. В ней он извещал Морское ведомство, что общение с матросами Сибирского флотского экипажа, с бывшими военнопленными и населением Владивостока оказывает на нижних чинов крейсера «нежелательное действие, будоражит и снижает дисциплину».