Небогатов, несомненно, был подавлен картиной гибели сильнейших кораблей нашего флота под огнем неприятеля. Сыграло свою роль подавляющее превосходство японцев, а также доклад старшего судового артиллериста о недосягаемости японских кораблей для орудий «Императора Николая I» (не исключено, что лейтенант А. А. Пеликан из-за ошибочных показаний дальномера считал, что дистанция превышает 50 кабельтовых). Возможно, в решительную минуту на адмирала отрицательно подействовал совет командира «Императора Николая I» В. В. Смирнова, который с легким ранением отсиживался внизу. Впоследствии Небогатов мотивировал свое решение стремлением спасти две тысячи жизней от неминуемой и бесполезной гибели. Объяснить его поступок можно, но оправдать нельзя.

Сигналу адмирала о сдаче последовали «Орел», «Генерал-адмирал Апраксин» и «Адмирал Сенявин». Быстроходный «Изумруд» под командованием капитана 2-го ранга В. Н. Ферзена прорвался сквозь японский боевой порядок и ушел на север. У адмирала X. Того не было крейсеров, которые могли бы его догнать.

Характерно, что ни один из командиров русских броненосцев, позорно нарушив устав, не решился проявить самостоятельность и хотя бы попытаться уничтожить свой корабль. Многие судовые офицеры именно это и предлагали сделать, протестуя против позорной сдачи. Однако их голоса Небогатов и его командиры не услышали.

В Санкт-Петербурге сдача остатков эскадры вызвала резко отрицательную реакцию царя и высшего руководства флотом. Еще до возвращения пленных в Россию, 9 августа 1905 года, особое совещание под председательством вице-адмирала А. А. Бирилева большинством голосов высказалось за то, чтобы Н. И. Небогатова и всех офицеров лишить званий и уволить со службы, а кондукторов и нижних чинов – только уволить. Десять участников совещания, в том числе пять георгиевских кавалеров (И. М. Диков, Н. И. Скрыдлов, Н. О. Эссен, И. И. Чагин и П. П. Дурново), выразили иное мнение: осуждая сдачу и считая заслуженным строгое наказание, они справедливо полагали, что возмездие должно последовать только «по свершении суда». Николай II не со всеми их доводами согласился: приказом от 22 августа 1905 года Н. И. Небогатова, командиров «Императора Николая I», «Генерал-адмирала Апраксина» и «Адмирала Сенявина» без суда лишили званий и уволили со службы.

В это время корабли 3-го броненосного отряда уже несли службу в составе японского флота под названием «Ики» (бывший «Император Николай I», сдан на слом в 1918 г.), «Мисима» («Адмирал Сенявин», исключен из списков в 1928 г.) и «Окиносима» («Генерал-адмирал Апраксин», исключен в 1926 г.). «Ивами» («Орел») японцы поставили на длительный ремонт. Через шесть дней после подписания в С.-Петербурге сурового приказа в Сасебо от взрыва боезапаса затонул броненосец «Микаса», на борту которого Н. И. Небогатов подписал условия сдачи…

В ноябре-декабре 1906 года в Кронштадте все же состоялся военно-морской суд, признавший виновниками позора бывшего командующего отрядом и семь офицеров. Н. И. Небогатова, В. В. Смирнова, С. И. Григорьева и Н. Г. Лишина приговорили к смертной казни, замененной императором 10-летним заключением в крепости. Четыре месяца заключения получил бывший флаг-капитан В. А. Кросс, по три месяца – старшие офицеры «Императора Николая I» и «Адмирала Сенявина» П. П. Ведерников и Ф. Ф. Артшвагер, два месяца – старший офицер «Генерал-адмирала Апраксина» Н. М. Фридовский. Небогатов досрочно освобожденный из крепости, пережил революционные события 1917 года и скончался в СССР в 1934 году. Известно, что разжалованный Н. Г. Лишин сражался уже в почтенном возрасте на фронте Первой мировой войны простым солдатом.