Вышеуказанные пункты применяются в отношении ценных бумаг (долей в уставном капитале), приобретенных налогоплательщиками начиная с 1 января 2011 года.

Б) Не подлежат налогообложению суммы процентов по государственным казначейским обязательствам, облигациям и другим государственным ценным бумагам бывшего СССР, государств – участников Союзного государства и субъектов Российской Федерации, а также по облигациям и ценным бумагам, выпущенным по решению представительных органов местного самоуправления.

По состоянию на конец весны 2012 года остается ряд неурегулированных вопросов. Например, п. 18 ст. 214.1 НК РФ устанавливает, что при наличии у налогоплательщика разных видов доходов очередность их выплаты устанавливается по соглашению налогоплательщика и налогового агента. Контролирующие органы не дают разъяснения о порядке применения данной нормы.

Кроме того, в связи с изменениями в НК РФ, вступившими в силу с 1 января 2012 года, в части включения в число налоговых агентов по ст. 214.1 НК РФ депозитария, осуществляющего выплату дохода по ценных бумагам с централизованным хранением, возникают вопросы в расчете налоговой базы, исчислении и уплате налога в случае, если такое лицо также является налоговым агентом, например, на основании заключенного договора на брокерское обслуживание.

Не урегулирован вопрос в отношении обменных операций, в случае если предметом договора мены являются облигации. В том числе при проведении эмитентом облигаций реструктуризации долга в виде различных юридических инструментов: договора мены, договора об отступном, встречных договоров купли-продажи.

Остаются вопросы и в отношении расчета налоговой базы по РЕПО. Например, много вопросов вызывает расчет налоговой базы при осуществлении обмена ценных бумаг в рамках договора РЕПО. Так, например, не прописан порядок расчета дохода/убытка от приобретения ценных бумаг в рамках процедуры обмена и возможность учета возникшего убытка по операциям с ценными бумагами.

"Болезненным" вопросом также является учет дивидендов по ценным бумагам, являющимися объектом сделки РЕПО, у продавца по первой части РЕПО в случае их выплаты эмитентом между первой и второй частью РЕПО. В данном случае остается не ясным порядок "идентификации" таких доход для продавца. Дело в том, что на дату составления списка лиц, "претендующих" на дивиденды, продавец по первой части РЕПО не числится в составе акционеров. Однако по условиям договора РЕПО дивиденды должны быть переданы покупателем по первой части РЕПО продавцу по первой части РЕПО. Соответственно, в случае если эмитентом был удержан налог при перечислении покупателю по первой части РЕПО, то при их передаче у продавца по первой части РЕПО возникает также объект налогообложения, что приводит к двойному налогообложению.

Помимо всего прочего не урегулирован порядок учета убытков в части предоставления документов, подтверждающих убыток. Много вопрос возникает при формировании справки 2-НДФЛ при осуществлении функций налогового агента по ст. 214.1, 214.3, 214.4 НК РФ.

В условиях развивающегося рынка также возникают "пробелы" в законодательстве. Например, в отношении учета торговых операций на валюту и валютные пары, схожих по своей сути со своп-контрактами, но не являющимися финансовыми инструментами срочных сделок. У налогоплательщиков возникают проблемы с учетом доходов по таким операциям, поскольку они не подпадают под регулирование нормой ст. 214.1 НК РФ, а значит, подлежат налогообложению по общей норме.