Наряду с чтением Евангелия Рачинский считал необходимым в школе чтение Псалтири, что давно было осознано в непосредственной практике сельского обучения. Псалтирь раскрывает пред ребенком небесную высоту, окрыляет, освежает и освещает его душу и вместе с тем открывает для него доступ и возможность «постоянно участвовать в совершении величайшего из художественных действий, завещанных нам творчеством веков – в исполнении наших церковных служб» [25, с. 100]. Пение и чтение за этой службой, в свою очередь, есть несравненный урок не только благочестия, но и духовной тонкости и культуры.

Одна из особенностей школы Рачинского состояла в том, что дети находились в ней с раннего утра и до позднего вечера. В 6 часов утра они приходили в школу, и сразу же начиналась утренняя молитва. После завтрака ребята выполняли различные хозяйственные работы. С 9 до 12 часов следовали занятия. После обеда дети отдыхали до 14 часов. Потом опять шли уроки до 16 часов, после чего был полдник, подвижные игры и прогулки. В 18 часов снова начинались занятия, на которых учащиеся упражнялись в умственном счете, пели, занимались грамматическим разбором. В 21 часов следовали молитва и ужин. Сам Рачинский не был сторонником воспитания вне семьи, но в обучении и воспитании крестьянских детей видел один из путей оказания положительного влияния на их родителей. Для последних он также организовывал беседы на темы нравственного содержания, а позднее организовал и успешно действующее Общество трезвости.

Большое значение С. А. Рачинский придавал труду. При его школе был создан садово-парковый ансамбль с редкими растениями, который использовался в качестве живой своеобразной лаборатории в процессе преподавания ботаники и являлся местом трудовой деятельности детей. В школе был создан детский хор, театральная студия, дети участвовали и в общественной жизни, являясь членами Российского общества трезвости, общества им. М. В. Ломоносова и др.

Рачинский своей деятельностью подтвердил возможность возрождения и устроения русской школы на народных началах. Первым и основным учителем в сельской школе, считал Рачинский, должен быть сам священник, школа должна быть «органом Церкви». Школьное дело должно быть осуществлением учительного призвания Церкви, и этим определяется место священника в школе. Он здесь не только учитель, но прежде всего пастырь и духовник. Священник как учитель имеет возможность сказать каждому из учеников то слово, в котором нуждается его душа, и та власть, которою он облечен, придает этому слову такую силу, которой никогда не достигнуть слову светского человека. Вокруг священника должен собираться остальной учительский состав.

Школа Рачинского стала продолжательницей первых церковноприходских школ, которые организовывались на Руси еще святым равноапостольным князем Владимиром, поскольку центральное место в ее устроении занимал храм. Воспитание ребенка Рачинский считал неотделимым от храма, от Церкви. Воспитательные задачи такой школы непреходящи, так как основаны на вечных Абсолютных идеалах. Эти высокие воспитательные задачи диктуют, в свою очередь, высокие требования к личности учителя как наставника и пастыря детей, каковым и был Сергей Александрович для своих воспитанников. Многие из них, воодушевленные его педагогическим примером, также избрали учительскую деятельность своим поприщем и преподавали в сельских школах, стремясь создать там такую же атмосферу семейственности и церковности, которая была в школе Рачинского.

Рачинский стал одним из тех учителей, кто каждодневно, последовательно и самоотверженно работал на благо крестьянских детей. Его деятельность была поддержана общественностью России: ему писали письма, советовались, его публикации широко обсуждались. Примечательно письмо К. П. Победоносцева, которое он в 1882 г. писал Александру III: «Когда-то, в минуту уныния, я представлял Вашему Величеству письма Рачинского в виде утешения, чтобы показать, какие есть люди, работающие в темных углах с бодростью духа и с верою в успех, делающие великие дела в малом кругу своем» [23, с. 361].