В возрасте двенадцати лет Шри Кришнамачарью отдали учиться в Брахма-тантра-паракала-матх – одну из известнейших и наиболее уважаемых брахманских школ в Майсуре. Одновременно с изучением ведийских текстов и ритуалов он посещал Майсурский королевский колледж, а уже в шестнадцать лет сдал экзамены по шастрам и пурва-мимансе на степень видвана (знатока). Шри Кришнамачарья вступал в дебаты о предметах, рассматриваемых в шастрах, с профессорами колледжа и всеми приезжими пандитами. Он даже спорил с ними, но именно таким образом ему удалось понять недостаточность своего образования. Шри Кришнамачарья жаждал знаний настолько сильно, что обязательства перед родителями и привязанность к близким померкли перед этим стремлением. Поскольку его учителя не принимали некоторых из его взглядов, он решил узнать все о ведийских даршанах (школах индийской мысли), особенно о системах тхаркам, вьякаранам и санкхья. Однажды его отец толковал «Йога-сутры» Патанджали, используя такие сложные термины, как паринаматрая, самьяма и анахата-джняна. Шри Кришнамачарья начал выспрашивать их смысл, но отец посоветовал ему изучить весь текст. Тогда у Шри Кришнамачарьи впервые зародилась надежда найти опытного учителя йоги, хотя его традиционное образование еще не было завершено.

После сдачи выпускных экзаменов в Майсуре, Шри Кришнамачарья изучал религиозный трактат «Веданта-калакшепа» и в течение двух лет служил в Паракала-матх, но хотелось ему совсем иного. С каждым днем росла его жажда знаний, а вместе с ней нарастала и неудовлетворенность сложившейся ситуацией. Ведь посещая лекции по санкхье и мимансе, он мечтал поехать в лучшие университеты Индии и узнать все о различных школах индийской философии. В начале ХХ века славился своими учеными университет в Каши (Варанаси), и отец Шри Кришнамачарьи, видя его тягу к знаниям, позволил ему покинуть дом. Так, в возрасте восемнадцати лет Шри Кришнамачарья отправился в Каши изучать санскрит, логику и грамматику. К нему присоединились и коллеги по Майсурскому колледжу, но никто не остался для прохождения полного курса. Только Шри Кришнамачарье посчастливилось быть допущенным к обучению, ибо университетские знаменитости признали его выдающиеся способности. Он изучал таркам у Вамадевы Бхаттачарьи и пробыл в Каши более десяти лет, кроме того, он изучил даршаны и получил в университете Надия титул ньяя-ратнам – «жемчужина понимания». Все эти годы он занимался только наукой, а практиковал лишь повторение Гаятри-мантры.

Знакомство с Махамахопадьей Ганганатхом Джхой, возглавлявшим университет в Каши, стало поворотным моментом в жизни Шри Кришнамачарьи. Между ними возникла крепкая дружба, а позже Джха попросил молодого ученого обучать его собственного сына. Ганганат Джха был йогачарьей (учителем йоги). Когда Шри Кришнамачарья обратился к нему за наставлениями, тот спросил его, действительно ли он намерен серьезно изучать йогу. Шри Кришнамачарья по-прежнему жаждал преумножения познаний, ведь еще отец советовал ему постичь «Йога-сутры». Тогда учитель сказал: «Если вы действительно хотите овладеть йогой, вам следует совершить путешествие в Тибет, где живет