Объявляя себя защитницей православия, она провозглашала и политику веротерпимости, потому что хорошо понимала, что мусульмане, став гражданами России, хотят при этом остаться мусульманами. После завоевания Крыма Екатерина будет проявлять заботу о восстановлении мечетей; известны также ее шаги навстречу духовным потребностям католиков и протестантов.

В октябре 1762 года императрица подписала указ, свидетельствующий о том, что она не намерена была слепо подражать Петру Великому и не во всем согласна с ним: «Тайной розыскных дел канцелярии не быть и оную совсем уничтожить», дабы «невиновных людей от напрасных арестов, а иногда и самых истязаний защитить», а «самым злонравным пресечь пути к произведению в действо их ненависти, мщения и клеветы…». Екатерина неоднократно высказывалась против пыток, считая их недопустимыми в цивилизованном обществе и негодными для следствия: истязаемый говорит не правду, а то, чего добиваются от него палачи, оговаривает других и самого себя; пытка – надежное «средство осудить невинного».

Императрица стремилась упорядочить ведение административных и судебных дел в Сенате, разделенном в 1763 году на департаменты. Но она понимала, что успех ее реформ будет зависеть, прежде всего, от людей, которых она расставит на местах, в том числе и вдали от столиц.

Екатерининское «Наставление губернаторам» 1764 года содержит требование к ним быть подотчетными верховной власти хозяевами вверенных им губерний, непримиримыми к «врагам отечества» – лихоимцам; стать «оком и душою правосудия», чтобы «ни знатность вельмож, ни сила богатства не могли обольщать совести…».

Губернаторы должны были стать не только исполнителями монаршей воли, но также помощниками и советчиками Екатерины, признававшейся в своем «Наставлении»: «…не бывав во всех губерниях и провинциях, лежащих в разных климатах и разными выгодами довольствующихся, заочно невозможно ни всех польз провидеть, ни всех неустройств отвратить…». Надо отметить, что к тому времени императрица уже начала знакомство со страной, совершив поездки по Средней России и Прибалтике.

В 1767 году она отправится в Поволжье, а через двадцать лет, в 1787-м, состоится ее самая известная поездка – по Украине и Новороссии, в Крым и западные губернии. Это будет масштабная политическая акция. Екатерина проедет по новым имперским землям с огромной свитой, в сопровождении английского, французского и австрийского послов; с императрицей будет встречаться король польский Станислав Понятовский, а в поездке к ней присоединится австрийский император Иосиф II.

Законотворческие планы Екатерины 1760-х годов позволяют предполагать, что далеко не сразу политик-реалист переборол в ней кабинетного мечтателя с «республиканской душой» (собственные ее слова).

Бейль и Монтескье дали ей точное представление о том, какими должны быть законы государства. Однако работа государственной машины, регламентируемая законодательством, в не меньшей степени зависит от доброй воли, понимания и умения тех, кому надлежит эти законы проводить в жизнь и соблюдать. Екатерина призывала россиян повиноваться законам, не раболепствуя и понимая, что это не прихоть очередного монарха, а государственная необходимость.

В 1767 году была созвана «Комиссия о составлении проекта нового Уложения» – выборный орган, занявшийся разработкой свода законов – на смену давно устаревшему Соборному Уложению царя Алексея Михайловича 1649 года. Депутатам Комиссии Екатерина адресовала свой знаменитый «Наказ», который не имел законодательной силы, но был как бы «духом законов» будущего Российского государства.