Инструкция также предписывала комиссару «жить <…> во всяком согласии» с корабельным мастером и «чинить вычеты мастеровым людем с общаго с ним совету»138. Однако отсутствие четкого разделения полномочий приводило к недопониманию и конфликтам между мастерами корабельных дел и комиссарами. Например, мастера неохотно отпускали по просьбам А. И. Стромилова и И. А. Тормасова работных людей для хозяйственных нужд верфи. Летом 1709 г. Стромилов пожаловался в Адмиралтейство, что Р. Броун и Г. А. Меншиков не позволили ему выполнить полученное из Санкт-Петербурга распоряжение – «прибить у карабелного строения лист» с инструкциями. Он также посетовал: «И мы о сем говорили мастеру и Гавриле Овдеевичю, и оне за моею рукою листа ставить не дали, и по статьям ничего мы не делаем, и о том имеем опасение немалое»139.
Комиссары отвечали за выплату денежного жалованья, выдачу провианта мастеровым, а также составляли списки сбежавших с верфей плотников и кузнецов, которые пересылали в Санкт-Петербург140. Организация розыска в задачи комиссаров не входила. Адмиралтейская канцелярия отправляла распоряжения комендантам городов, откуда были присланы на работы мастеровые, найти и немедленно выслать беглецов обратно или прислать замену. Вне компетенции комиссаров также оставалось расследование совершённых мастеровыми и работными людьми уголовных преступлений. Так, в ночь на 6 июня 1709 г. вернувшийся в казарму после посещения кабака в расположенной на правом берегу Волхова деревне Березье костромской плотник Тимофей Яковлев в казарме «зарубил топором плотника ж Алексея Ларионова до смерти». «Смертоубивца» доставили в приказную избу, допросили и заключили под стражу. Расспросные речи и извет вместе с отпиской А. И. Стромилов отправил в Санкт-Петербург Ф. М. Апраксину141. 15 июня Адмиралтейская канцелярия распорядилась «учинить розыск» по данному делу ладожскому коменданту Г. Ф. Муравьеву142.
Работных и мастеровых людей присылали в Новую Ладогу по разнарядке на трехмесячную смену. Специально оговаривалось, что плотникам надлежало иметь топоры или покупать их на собственные деньги. На Новоладожской верфи трудились плотники из Олонца, Вологды, Ростова, Углича, Костромы, Твери, Ярославля и других городов (с 500 крестьянских дворов снаряжался один плотник)143. Вместе с прибывшими на трехмесячную смену корабли также строили записные мастеровые люди разных специальностей144. В расходной книге 1711–1712 гг. также упоминаются и направленные адмиралтейским начальством из Санкт-Петербурга в Новую Ладогу плотники-переведенцы145.
До появления «Регламента о управлении Адмиралтейства и верфи…» 1722 г. распорядок работ на адмиралтейских предприятиях определялся царским указом от 20 мая 1708 г.146 Рабочее время зависело от светового дня и летом достигало 14 часов. С 25 марта по 15 сентября рабочий день продолжался с пяти утра «до вечернего пушечного с крепости выстрела» с двумя перерывами на завтрак и обед (с 11 до 13 и с 19 до 19:30). С 15 сентября по 25 марта мастеровым и работным людям полагался один короткий перерыв с 12 до 12:30