В 1838 г. ваххабиты потерпели поражение от войск Мухаммеда Али; египтяне захватили побережье Эль-Хасы и приступили к подготовке вторжения на Бахрейн. Действия египтян вызвали недовольство в Тегеране, где Бахрейнский архипелаг традиционно считался иранской территорией; в результате острова были оккупированы иранскими войсками.

Шейх Абдаллах обратился за помощью к Англии, чей флот курсировал в Персидском заливе ввиду англо-иранского конфликта из-за Герата (1838–1841). Англичане, разумеется, выступили «в защиту» суверенитета Бахрейна. По настоянию из Лондона Мухаммед Али в 1840 г. отозвал свои войска с побережья Эль-Хасы; вслед за тем персы оставили Бахрейн. От шейха Абдаллаха англичане потребовали присоединения к соглашению 1835 г. Его попытка затянуть переговоры ничего не дала. Когда же стало известно о том, что он вошел в тайные сношения с персами, его участь была решена: по настоянию британского политического резидента Персидского залива шейх Абдаллах был лишен власти и главой Бахрейна стал шейх Мухаммед беи Халифа аль-Халифа (1843–1867).

Переворот в Манаме был первой попыткой англичан непосредственно воздействовать на внутриполитическую жизнь шейхства Бахрейн. Результатом ее стало присоединение Бахрейна к договору 1847 г., который заменил собой все предшествовавшие соглашения Англии с правителями шейхств Восточной Аравии. Договор 1847 г. настолько упрочил положение Англии в Восточной Аравии, что вскоре после его ратификации парламентом британский политический резидент Персидского залива официально предложил шейху Мухаммеду признать протекторат Англии над Бахрейном. Вопреки ожиданиям правитель Бахрейна постарался уклониться от британской «опеки». Он начал переговоры с губернатором Фарса и турецким правителем Басры. Переговоры ничего не дали.

В конце концов, британское правительство односторонним актом объявило о введении «благожелательного надзора» над островами и их населением, что по существу означало провозглашение протектората с той лишь разницей, что пока права Англии на Бахрейн никем не признавались, кроме самих англичан.

Шейху Мухаммеду и его окружению ничего не оставалось делать, как смириться, тем более что вскоре «благожелательный надзор» Англии распространился на все «союзные» ей шейхства Восточной Аравии (включая Маскат и Оман). Отныне Англия брала на себя «бремя» по поддержанию в этом районе мира и порядка; в ее компетенцию вошли надзор за внешними связями местных шейхств и их экономическим развитием.

Во второй половине XIX в. Англия постаралась закрепить за собой господство в районе Персидского залива. К числу наиболее значительных актов этого периода следует отнести договор о «вечном мире», заключенный британским правительством с шейхами Договорного Омана (с 1853 г. так стали называть «Пиратский берег»). Подписанный в начале мая 1853 г. договор предоставлял британскому резиденту право карать любых «нарушителей» мира в Персидском заливе. В сочетании с договором 1847 г. этот документ утверждал подсудность шейхов Договорного Омана главе британской политической администрации.

Шейх Мухаммед отклонил предложение присоединиться к договору 1853 г. Однако на сей раз, он столкнулся с непреклонной волей колонизаторов. Надеяться на помощь извне не приходилось: Иран был поглощен борьбой против бабидского движения (1848–1852), а затем новым конфликтом с Англией из-за Герата (1856–1857); Османская империя увязла в кризисе, вызванном Крымской войной (1853–1856); Маскат и Оман давно сами утеряли возможность действовать самостоятельно.