Моголы захватили столицу Махараштры Райгарх, все стратегически важные крепости. Страна была залита кровью. Убежденный, что война с «горными крысами» закончилась, и независимое государство маратхов перестало существовать, Аурангзеб увел войска из Махараштры, оставив лишь гарнизоны. Но торжество падишаха было преждевременным. Маратхи оправились от страшного потрясения, и вскоре вся страна была охвачена пламенем народной партизанской войны. Младшему сыну Шиваджи, Раджараму, удалось бежать из осажденного Райгарха в Джинджи, горную крепость в Карнатаке, и укрепиться там. И хотя у него не было ни талантов, ни возможностей возглавить освободительное движение, само известие о том, что маратхский государь жив, что сын национального героя не погиб, воодушевляло сердца маратхов, которые под руководством своих полевых командиров отважно сражались против могольских захватчиков. Аурангзеб попытался захватить Джинджи, но потерпел неудачу. С 1692 г. маратхи перехватили инициативу, а обострившийся в то время кризис империи подорвал силы Аурангзеба.

Сами могольские военачальники тайно поддерживали сношения с маратхами, охотно получали от них взятки, а Зульфикар Хан, осаждавший Джинджи, тайно помог Раджараму покинуть крепость, и лишь потом взял ее. Раджарам вернулся в Махараштру. После его смерти в 1700 г. к власти пришла его жена Тара Баи, регентша при малолетнем сыне. Эта умная, энергичная и талантливая женщина сыграла важную роль в восстановлении маратхского государства, хотя о единстве времен Шиваджи уже не приходилось и мечтать: каждый маратхский феодал, каждый полевой командир действовал на свой страх и риск. Попытка Аурангзеба вновь привести Махараштру к покорности кончилась полной катастрофой. Падишах, по сути дела, потерял на Декане свою армию; маратхи в союзе с мятежными феодалами Бунделкханда и Южной Индии начали вновь совершать набеги на территорию Моголов. Смерть Аурангзеба ускорила агонию империи, и вскоре маратхи и Моголы поменялись ролями: уже правителям Дели пришлось отбивать нападения «горных крыс», с честью отстоявших свою свободу и восстановивших к началу XVIII в. независимое государство маратхов.

Совсем по-другому обстояли дела в далеком от Махараштры Панджабе, где главной движущей силой мощного антимогольского движения стали сикхи. Вооруженному выступлению сикхов предшествовал длительный период, в течение которого сикхизм существовал как мирная секта, к которой могольские правители относились вполне терпимо. Акбар даже встречался с гуру Амардасом в 1571 г., милостиво беседовал с ним и впоследствии покровительствовал сикхам, защищая их даже от ортодоксальных брахманов.

При первых наследниках гуру Нанака – Ангаде, Амардасе, Рамдасе, Арджуне – сикхизм сохранял подчеркнуто мирный характер религиозно-реформаторского движения, главными участниками которого были ремесленники и торговцы. Идеалом сикхизма в то время считался скромный, смиренный труженик-домохозяин, не помышлявший о каком-либо вооруженном сопротивлении. Во главе общины стояли гуру – наследственные вероучители, живые боги для рядовых сикхов. Община делилась на округа, возглавляемые агентами гуру – масандами, собиравшими с каждого сикха налог в пользу гуру. Постепенно гуру, не брезговавшие торговлей, сосредоточили в своих руках огромные денежные средства. Масанды превращались в настоящих феодалов, державших в полном подчинении рядовых сикхов. Уже к концу XVI в. во главе общины стояли не скромные проповедники, каким всю жизнь оставался Нанак, а настоящие государи, быт которых был мало отличим от быта могольских вельмож или индусских раджей. Построенный сикхами на пожалованной Акбаром земле город Амритсар превратился в столицу полунезависимого государства в государстве. Столкновение с Моголами было неизбежно. И когда в 1605–1606 гг. гуру Арджун оказал помощь принцу Хусро, поднявшему мятеж против своего отца Джахангира, это переполнило чашу терпения падишаха. Арджун был казнен в Дели, и сикхи взялись за оружие.