При подобных обстоятельствах не было никакого сомнения, что премию следует присудить Домагку, и действительно, в этот момент не было ни одного столь же достойного кандидата. Для международного престижа премии, а также единения присуждающих ее ученых было исключительно важно, чтобы завещание исполнялось буквально, даже во время политической нестабильности, включая войну. Что касается немецких ученых, то имелись серьезные основания полагать, что они будут приветствовать вручение награды, невзирая на официальное запрещение гитлеровского правительства.

Подавляющее большинство профессоров Каролинского института также высказалось в пользу присуждения премии Домагку. Ситуация стала известна немецкой дипломатической миссии в Стокгольме, результатом чего явилась телеграмма в Министерство иностранных дел Швеции из Берлина, в которой говорилось, что присуждение Нобелевской премии немецкому подданному является «абсолютно нежелательным». Текст этой телеграммы был передан по телефону секретарю Нобелевского комитета, который поинтересовался, может ли Министерство иностранных дел Швеции прокомментировать немецкое заявление. Поскольку комментариев не последовало, Каролинский институт счел себя вправе действовать согласно существующему положению. Каролинский институт подавляющим большинством голосов присудил премию за 1939 год Герхарду Домагку за его открытие антибактериального действия пронтозила. Однако надо сказать, что под давлением нацистского аппарата Домагк помимо своей воли вынужден был письменно отказаться от премии.

Практика отказа лауреатов от получения наград вызвала необходимость изменения некоторых правил. Новое принятое правило гласило, что в том случае, если лауреат отказывается получить премию или не может получить деньги до 1-го октября следующего года, премия должна быть возвращена Нобелевскому фонду.

Во время Второй мировой войны Нобелевских празднований в Стокгольме не проводилось. В течение 1940–1942 годов премии вообще не вручались. Премии по физиологии или медицине за 1938 и 1939 годы были, как уже упоминалось, присуждены, хотя их презентация откладывалась до более позднего срока. Премия 1938 года была вручена профессору К. Хеймансу на академической церемонии в Генте (Бельгия) 16 января 1940 года шведским министром в присутствии королевы-матери Елизаветы, членов бельгийского правительства и других официальных лиц.

27 октября 1944 года, когда война в Европе была еще в разгаре, Каролинский институт вынес свое решение о премиях по физиологии или медицине за 1943 и 1944 годы. Трое из лауреатов – Э. Дойзи, Дж. Эрлангер и Г. Гассер были гражданами Соединенных Штатов, в то время, как четвертый, X. Дам был датчанином, который временно работал в Америке. Из-за того, что шла война, эти лауреаты не имели никакой возможности приехать в Швецию, даже если бы там и состоялась обычная праздничная церемония. Поэтому пришлось обратиться в Американо-Скандинавский фонд с просьбой о проведении церемонии вручения премий в Нью-Йорке. Церемонию возглавил находящийся в Вашингтоне шведский министр. Эта церемония полностью соответствовала международному характеру премий и тому интересу, который они вызывали в различных странах.

По вполне понятным причинам все резоны, касающиеся присуждения премий, являются конфиденциальными и согласно положениям протесты против решений, вынесенных присуждающими премии организациями, не принимаются. Как правило, никто из членов Нобелевского комитета, так же, как и профессора Каролинского института, не вступают в дискуссию на тему премии ни с кандидатами, ни с их спонсорами, поскольку это может привести к нескончаемым осложнениям.