Слово ниндзя записывается двумя иероглифами: нин (в другом прочтении синобу) – 1) выносить, терпеть, сносить; 2) скрываться, прятаться, делать что-либо тайком; и ся (в озвончённой форме дзя; в другом прочтении моно) – человек. Существительное синоби, образованное от глагола синобу, означает: 1) тайное проникновение; 2) соглядатай, лазутчик, шпион; 3) кража.

Слово ниндзя появилось лишь в ХХ в. Ранее его эквивалентом было иное прочтение тех же иероглифов – синоби-но моно, буквально «скрывающийся человек», «проникающий тайно человек». Так в Японии, начиная с XIV в., называли лазутчиков.

Во многих работах по истории ниндзюцу можно встретить анализ взаимоотношения составных частей иероглифа нин с целью показать некое скрытое и при этом якобы изначальное философское значение слова ниндзя. Так, этот иероглиф интерпретируют, например, как «сердце контролирует и направляет оружие» (нижняя часть иероглифа нин представляет собой иероглиф «сердце», а верхняя – «клинок»). Однако думается, что это не более чем позднейшие интерпретации и гимнастика ума. Подтверждается это тем, что задолго до того, как в Японии шпионов стали называть синоби, в японском языке уже существовали многочисленные производные от глагола синобу слова со вполне «шпионскими» значениями: синобиёру – подкрадываться; синобииру – тайно проникать куда-либо; синобиаруку – ходить крадучись; синобисугата-дэ – переодевшись, инкогнито, под чужим именем; синобиаси-дэ – на цыпочках, тихонько и т. д.

Синоби был далеко не единственный термин для обозначения представителей шпионской профессии. В источниках мы встречаем упоминания о кандзя («шпион», дословно – «человек [проникающий через] отверстие»), тёдзя («шпион»), камари («пригибающийся»), укамибито («вызнающий человек»), суппа («волны на воде», «проникающие [куда-либо] волны»), сэппа (то же), раппа («мятежные волны»), топпа («бьющие волны»), монокики («слушающие»), тоомэ («далеко видящие»), мицумоно («тройные люди», «растраивающиеся люди»), дацуко («похитители слов»), кёдан («[подслушивающие] болтовню за угощением»), яма-кугури («подлезающие под гору»), куса («[прячущиеся в] траве») и т. д.

Общую характеристику синоби-но моно, их предназначения и использования мы находим в таком авторитетном источнике, как «Букэ мёмокусё» («Термины самурайских родов») [9]: «Синоби-но моно выполняют различные шпионские задания. Их называют еще кандзя или тёдзя. Служба их заключается в том, чтобы тайно проникать в чужие провинции и изучать обстановку во вражеском стане или по временам, замешавшись среди врагов, вызнавать их слабые места. Проникнув во вражеский лагерь, они устраивают поджоги и убивают вражеских воинов. Во многих случаях используются эти синоби. Называют их также моно-кики («подслушивающие»), синоби-мэцукэ («тайные агенты, цепляющие к глазам») и т. д. Всё это одна сторона их службы. Если с самого начала служебные обязанности синоби-но моно не оговорены, то нет таких заданий, которые бы им не поручали. Служат в качестве синоби простолюдины, асигару (воины низшего ранга), досин (полицейские низшего ранга), раппа, сэппа и т. д.».

Сходную характеристику применительно к синоби из владений прославленного полководца Уэсуги Кэнсин (Кагэтора) мы находим в «Этиго гунки» («Воинская повесть провинции Этиго»)