Симеон Полоцкий, как авторитетный знаток богословия, активно включился в борьбу со старообрядцами. Он написал книгу ответов на челобитные старообрядцев, назвав ее «Жезл правления на мысленное стадо православно-российския церкви…», которая была названа церковным собором «жезлом из чистого серебра Божия слова».
Симеон Полоцкий много сделал для распространения просвещения на Руси, выступая против сторонников невежества и суеверий в Москве, обличая грубость нравов, бесчинство, пороки, злоупотребления. Он – автор нескольких театральных пьес, не слыханных еще в Москве. Симеон Полоцкий пишет несколько книг для своих учеников, и, в частности, «Букварь» для маленького царевича Петра Алексеевича:
Сразу же после приезда в Москву ему поручают организовать школу молодых подьячих Тайного приказа для приготовления переводчиков с латинского, тогда международного, языка в Заиконоспасском монастыре. Для школы летом 1665 г. из сумм приказа выдали «к хоромному строению, что в Спасском монастыре за Иконным рядом, в которых учитца по латиням» 100 рублей.
Эта школа положила начало латинскому образованию в Москве. Она просуществовала около четырех лет и была закрыта по проискам противников изучения латинского языка и проникновения западной образованности в Россию, в особенности консерватора и ретрограда патриарха Иоакима.
Симеону Полоцкому, возможно, принадлежит и проект создания академии, куда должны были приниматься «всякого чина, сана и возраста люди, точию [т. е. только] православныя Христианския восточныя веры приходящие ради научения». К 1682 г. относится «Привилегия» на открытие нового для России учебного заведения: «Божией милостью Великий Государь, Царь и Великий Князь Феодор Алексеевич… благоволим в царствующем нашем и богоспасаемом граде Москве при монастыре премудрости и смысла подателя Всемилостивого Спаса, иже в Китае… на взыскание юных свободных учений мудрости, и собрания общего ради от благочестивых и в писании божественном благоискусных дадскалов, изощрения разумов, храмы чинов Академии устроити; и во оных хощем семена мудрости, то есть науки гражданския и духовныя, наченше от грамматики, пиитики, риторики, диалектики, философии разумительной, естественной и нравной даже до богословии учащей вещей божественных, и совести очищения постановити. При том же и учению правосудия духовнаго и мирскаго, и прочим всем свободным наукам, ими же целость Академии, сиречь училищ, составляется быти… на житие блюстителю того училища и учителем монастырь Всемилостивого Спаса иже во граде Китае близ Неглинных врат, на строение же училищ по чину Академии земли подле того монастыря к Неглинным вратам… в длину на 18 саженей поперек на 16 саженей… Благоволим… при монастыре… храмы чином Академии устроити…»
Согласно этому документу, для академии предоставлялся «монастырь Всемилостивого Спаса иже во граде Китае близ Неглинных врат». Так как Заиконоспасский монастырь был небольшим, то для новой академии к его участку прирезали землю из соседнего Земского приказа, которая сдавалась частным владельцам (Ортюшке Ветошникову и Панкратию Петрову) – «в длину на 18 саженей поперек на 16 саженей» (несколько больше 600 кв. м). Для материального обеспечения монастыря к нему приписывались 7 других монастырей с их землями и доходами, а в академию отдавалась царская библиотека.
Симеон Полоцкий воспитал талантливого ученика Сильвестра Медведева, который и жил вместе с ним в Заиконоспасском монастыре. Сильвестр «от юности возраста был многоречив и остроглаголив», ученик школы по дьячих Симеона Полоцкого в Заиконоспасском монастыре, он добился больших успехов, изучая историю, философию, богословие, греческий, латинский, польский, немецкий языки. Жил он в самом монастыре, где ему отвели «богатейшую из иных всех келлию», он был и книжным справщиком, для чего требовалось немалое знание богослужебных книг. После смерти своего учителя он – издатель рукописей Симеона Полоцкого и преемник его просветительской деятельности. Сильвестром Медведевым в 1685 г. при правительнице Софье было подано прошение об учреждении академии при Спасском монастыре, которая утверждается в 1686 г.