Берия выдвинул Маленкова на пост Председателя Совета министров СССР, так как между ними существовала давняя дружба и ряд карательных операций широкого масштаба они проводили вместе. На похороны Сталина, организованные с грандиозным размахом, в Москву стекались сотни тысяч людей со всей страны. Это вынудило Берию вызвать в Москву несколько дивизий МВД для поддержания порядка. Часть войск расположилась в центре города в различных административных зданиях. После похорон Берия не отдал распоряжения об отправке этих подразделений МВД, находившихся в его подчинении, на прежние места их дислокации. Но для этого требовался какой-то повод, и он его нашел. Как известно, вскоре после смерти Сталина была объявлена всеобщая амнистия осужденным на сроки до 5 лет. Таким образом, под эту амнистию не попадали осужденные по политическим статьям (срок за них начинался с 8 лет) и серьезные преступники и рецидивисты. Однако вопреки Указу об амнистии, Берия отдал приказы своим подчиненным полностью ликвидировать некоторые лагеря для уголовных преступников, в результате вышли на свободу многие уголовники и рецидивисты, независимо от их срока. В Москве и других городах появились сотни тысяч амнистированных заключенных-бытовиков, а это сразу вызвало рост преступности и недовольство населения и дало повод оставить в городах большой контингент войск МВД.

Произвело большую сенсацию и сообщение МВД в начале апреля о реабилитации «врачей-сионистов», арестованных по распоряжению Сталина, и о восстановлении в стране социалистической законности. Виновный в организации «дела врачей» Рюмин был быстро осужден и расстрелян. Большинство людей восприняло это с огромным энтузиазмом, как начало массовой реабилитации политических заключенных. Берия провел несколько частных реабилитаций, в основном родственников высших руководителей, например жены В. Молотова Жемчужиной – Молотовой. Она прямо из лагеря была привезена в Москву, где ее встречал сам Берия вместе с Молотовым. Но, наряду с ликвидацией «дела врачей», Берия объявил и об освобождении и реабилитации бывшего министра МГБ Абакумова, министра МГБ Грузии Рухадзе и ряда других своих близких друзей, которые сразу же получили ответственные посты в новой системе МВД. Политическая ответственность за «дело врачей» была возложена на С. Д. Игнатьева, бывшего министра МГБ, друга Маленкова, и занимавшего после смерти Сталина пост секретаря ЦК КПСС.

Однако ЦК КПСС, обсудив все эти реабилитации, принял и опубликовал 10 апреля решение «О нарушении законов органами государственной безопасности», которое косвенно было направлено и против Берии, ибо нарушения законов со стороны МГБ, конечно, не ограничивались только «делом врачей». Кроме того, даже частные реабилитации родственников высших партийных и государственных чиновников (в первые месяцы после смерти Сталина было несколько сотен таких реабилитаций) быстро меняли отношение в ЦК КПСС к существовавшей проблеме концентрационных лагерей, в которых томились миллионы невиновных людей, жертв террора. В то же время давление со стороны населения на МВД быстро росло. Миллионы людей писали заявления в МВД и ЦК КПСС, в Президиум Верховного Совета СССР и требовали реабилитации своих родственников. Рассмотрение этой проблемы в ЦК КПСС в ее полном объеме грозило стать гибельным для Берии. Поэтому ему нужно было торопиться с организацией заговора. Но в ЦК КПСС уже готовился противоположный заговор против него самого, так как и Хрущев и многие другие члены руководства страны понимали опасность концентрации в руках Берии столь большой власти. Г. Маленков также вынужден был примкнуть к этому заговору, во главе которого стоял Хрущев, поддержанный военными и прежде всего маршалом Г. К. Жуковым.