Самолет Ту-16 т стал последним торпедоносцем советского ВМФ. Хотя неугомонные адмиралы настаивали на создании еще более тяжелого торпедоносца на базе четырехмоторного стратегического бомбардировщика М-6 конструкции В.М. Мясищева.

В сентябре 1958 г. после расформирования 141-й МТАД 943-й МТАП ДД вошел в состав 88-й МТАД ВВС ЧФ.

После расформирования 88-й МТАД и в связи с преобразованием МТА ВВС ВМФ в морскую ракетоносную авиацию, на основании приказа Министерства обороны СССР № 0028 от 20 марта 1961 г. и приказом главкома ВМФ № 048 от 13 апреля 1961 г., с 1 мая 1961 г. 943-й МТАП ДД стал именоваться 943-м отдельным морским ракетоносным авиационным полком.

В 1959–1961 гг. 943-й МТАП ДД был перевооружен на Ту-16кс. Перевооружение полка происходило на аэродроме Гвардейское на базе 124-го МТАП. В 1960 г. для отработки практических пусков ракет был сформирован 120-й отдельный истребительный авиаотряд (ОИАО) специального назначения, вооруженный самолетами СДК-7. В январе 1961 г. отряд расформировали, а вместо него в штат полка включили истребительное авиазвено. После окончания освоения экипажами полка ракетной системы звено было расформировано.

В 1962 г. 12 экипажей полка в рамках программы военной помощи Индонезии перегоняли самолеты Ту-16кс по маршруту Октябрьское – Иркутск – Пекин – Рангун – Джакарта – Мадиум.

С 1971 г. полк вошел в состав вновь сформированной 2-й гвардейской морской ракетоносной авиадивизии (МРАД) ВВС ЧФ.

Весной 1970 г. экипажи из состава полка на ротационной основе находились в спецкомандировке в Арабской Республике Египет. Они входили в состав 90-й ОДРАЭ особого назначения ВМФ и базировались на аэродроме Каир-Вест. Летчики выполняли полеты над Средиземным морем на Ту-16р с египетскими опознавательными знаками.

Летом 1972 г., после разрыва отношений между АРЕ и СССР, экипажи полка вернулись к месту постоянной дислокации.

С февраля 1974 г. 943-й МРАП, первым в Авиации ВМФ, приступил к переучиванию на новые сверхзвуковые ракетоносцы Ту-22м2. К 7 августа переучивание 1-й эскадрильи завершилось.

3 сентября 1974 г. первые два Ту-22м2 приземлились на аэродроме Гвардейское, а 20 сентября состоялась первая летная смена 1-й авиаэскадрильи на этих самолетах.

17 апреля 1975 г. экипаж подполковника Задирако первым в полку произвел практический пуск авиационной крылатой ракеты Х-22 на Каспийском полигоне.

Ракета Х-22 имела стартовый вес 5740 кг. Дальность стрельбы составляла 310–330 км, максимальная скорость – 3710 км/ч. Ее модификации Х-22Н и Х-22НА имели дальность стрельбы 390 км и 480 км соответственно.

Боевая эффективность полка Ту-22 м с ракетным комплексом К-22Н оценивалась вдвое выше, чем у Ту-16к-26 и втрое выше по сравнению с Ту-16к-10.

Помимо 943-го МРАП на Черноморском флоте самолетами Ту-22м2 пополнился 5-й МРАП.

В сентябре 1975 г. к переучиванию на Ту-22м2 приступила 2-я авиаэскадрилья.

К началу 1980-х гг. в составе полка имелись две эскадрильи самолетов Ту-22м2 и одна эскадрилья самолетов Ту-16к-16.

В 1983 г. эскадрилья самолетов Ту-16к в полку была расформирована.

В 1987 г. 943-й МРАП был перевооружен на самолеты Ту-22м3.

В 1992 г. в боевом составе 943-го МРАП имелось 23 самолета Ту-22м3 и четыре Ту-16.

После расформирования в конце 1994 г. управления 2-й гвардейской МРАД 943-й МРАП стал отдельным полком в составе ВВС ЧФ. В нем имелось 25 экипажей. В полк на хранение были переданы самолеты из расформированного 5-го гвардейского МРАП.

31 августа 1996 г. 943-й ОМРАП на аэродроме Октябрьское был расформирован. Самолеты Ту-22м3 (39 единиц) поделили между Украиной (20 единиц) и Россией (19 единиц). Российские самолеты Ту-22м3 передали на хранение на аэродром Веретье (Остров). Часть из них, пройдя ремонт на авиаремонтном заводе в городе Чкаловске Калининградской области, позже были переданы в 568-й гв. ОМРАП ВВС Тихоокеанского флота. А украинские «Бэкфайры»