Депортация карачаевцев из Ставрополья в Среднюю Азию, начавшаяся 2 ноября 1943 года, была первой акцией выселения мусульманских народов с Северного Кавказа. Секретный Указ Президиума Верховного Совета СССР о ликвидации Карачаевской автономной области был принят 12 октября 1943 года. Хотя инициатива таких депортаций исходила от Сталина, а их техническое исполнение осуществлялось спецчастями НКВД, вся операция готовилась совместно с администрацией Ставропольского края. Это очевидно хотя бы из того, что одновременно с депортацией производилось переименование населенных пунктов и районов. Происходили и территориальные изменения. Северная часть Карачаевской автономии осталась в Ставрополье, южная горная часть была включена в состав территории Грузии. Всего было депортировано 14 774 семьи – 68 938 человек[52].

В период войны, особенно с 1943 года, Сталин стал активно проводить политику русского национализма. В этом отношении он мог полностью положиться на Суслова. Для старых большевиков, а также нерусских членов партийного руководства достаточно резкий поворот Сталина к русскому национализму не мог считаться в полной мере оправданным.

В 1944 году решением Политбюро Суслов был назначен главой специального Бюро ЦК ВКП(б) по Литовской ССР. Задачей этого бюро была «советизация» Литвы и разгром литовских националистов. С 1944 года во всей Прибалтике, после освобождения ее от немецкой армии, шла гражданская война и партизанская война против Советской Армии. Суслов в этот период считался главным эмиссаром Сталина не только в Литве, но и во всей Прибалтике. Он устанавливал здесь советскую власть, и это сопровождалось массовыми репрессиями во всех слоях общества. Именно в этот период Сталин более близко познакомился с Сусловым и достаточно объективно оценил его способности и преданность. В Литве Суслов проработал до конца февраля 1946 года. После этого в течение двух лет он выполнял секретные миссии Сталина, о характере которых известно очень мало. В двух-, а затем и в трехтомном собрании речей, докладов и статей Суслова, изданных уже в 1970-х и в начале 1980-х годов, можно обнаружить, что после речи в Вильнюсе 1 февраля 1946 года Суслов нигде не выступал до 21 января 1948 года, когда неожиданно он был удостоен особой чести подготовки доклада к 24-й годовщине смерти Ленина. В двух наиболее подробных биографиях Суслова, опубликованных в России и на Западе, нет практически никаких данных о характере заданий Суслова в период с 1946 по 1948 год[53]. Между тем Суслов вызывался к Сталину в Кремль 6 раз в 1947 и 20 раз в 1948 году.

Именно в этот период Суслов стал предметом внимания советологов и западных разведывательных служб. Исследовательские отделы ЦРУ и их отделения при радио «Свобода» в Мюнхене анализировали контекст каждого упоминания имени Суслова в советской прессе и его положение среди других лидеров на фотографиях разных торжеств. Эта технология оценки относительного влияния тех или иных лидеров в СССР существовала давно, но к Суслову начали присматриваться лишь с 1946 года. Он тогда оценивался как 18-й по рангу. В 1947 году на основе анализа фотографий советских лидеров, прибывших на сессию Верховного Совета РСФСР, опубликованных 21 июня, Суслов был передвинут уже на 12-е место. Он стал первым сразу за одиннадцатью членами Политбюро. Было известно, что Суслов в марте 1946 года был избран в Оргбюро ЦК ВКП(б), состоявшее тогда из 15 человек. При этом Суслов в этот период находился не в штате идеологического, а в штате Общего отдела ЦК ВКП(б). Это, по существу, все, что удалось узнать о Суслове западным разведывательным службам.