Сложной проблемой являлась организация управления войсками. По довоенным взглядам считалось, что основным средством связи является проводная. При этом войска должны были базироваться на гражданскую сеть Народного комиссариата связи (НКС). Однако система связи в Прибалтике была развита слабо и приспособлена в основном для обеспечения местных нужд. Для устранения этих недостатков НКС планировал построить на территории округа новые линии и узлы связи, однако к началу войны строительство этих объектов было далеко от завершения. В результате в распоряжение 8-й и 11-й армий было выделено только по одной линии связи, притом без обходных направлений[27]. Имевшиеся же узлы связи находились в населенных пунктах и не были защищены от ударов авиации противника. Линии связи проходили вдоль шоссе и железных дорог и также были очень уязвимы в случае войны. Подземные линии связи отсутствовали.

Тыловое обеспечение боевых действий с началом войны должно было осуществляться с 45 различных складов, которые по организации и оснащению были очень несовершенны. В основном они были стационарными, привязанными к железным дорогам и не имели необходимого количества транспорта и специального оборудования.

14 мая 1941 г. в штаб округа поступила директива наркома обороны на разработку плана прикрытия территории ПрибОВО. В соответствии с ней на округ возлагались следующие задачи: «Не допустить вторжения как наземного, так и воздушного противника… Упорной обороной укреплений по линии госграницы прочно прикрыть отмобилизование, сосредоточение и развертывание войск округа… Противовоздушной обороной и действиями авиации обеспечить бесперебойную работу железных дорог и сосредоточение войск округа… Активными действиями авиации завоевать господство в воздухе и мощными ударами по основным железнодорожным узлам, мостам, перегонам и группировкам войск нарушить и задержать сосредоточение и развертывание войск противника. Не допустить сбрасывания и высадки на территории округа воздушных десантов и диверсионных групп противника…»[28]

Согласно плану прикрытия государственной границы, разработанному штабом округа, в его полосе создавались три армейских района прикрытия. Район прикрытия № 1 (27-я армия) включал острова Даго и Эзель, прибрежные полосы Рижского залива и Балтийского моря до Паланги. На сухопутной границе Советского Союза с Восточной Пруссией в полосе шириной 300 км – от Паланги до разграничительной линии с Западным Особым военным округом – должны были развернуться 8-я и 11-я армии.

В полосе 8-й армии (ширина около 160 км), от Паланги до Юрбаркас, в первом эшелоне должны были действовать три стрелковые дивизии 10-го и 11-го стрелковых корпусов. На правом фланге армии располагалась 10-я стрелковая дивизия 10-го корпуса. Ей была назначена полоса шириной в 80 км. Левее в полосе шириной 30 км имела задачу перейти к обороне 90-я стрелковая дивизия этого корпуса. 125-я стрелковая дивизия 11-го стрелкового корпуса, действуя в полосе шириной более 40 км, прикрывала главное направление армии – железную и шоссейную дороги из Тильзита на Шауляй через пограничный пункт Таураге. На этом же направлении, во втором эшелоне корпуса должна была занять оборону 48-я стрелковая дивизия.

В соответствии с решением командующего 11-й армией в ее полосе (ширина 140 км) создавались три участка прикрытия. В состав участка прикрытия № 1, для действий в полосе шириной 85 км, выделялся 16-й стрелковый корпус (5, 33-я и 188-я стрелковые дивизии). В составе участка прикрытия № 2 (20 км) планировалось использование частей 126-й стрелковой дивизии. Участок прикрытия № 3 (35 км) должны были занимать части 128-й стрелковой дивизии.