16 июля подступившая к дому Мазаньелло толпа стала требовать у него ответа на обвинения в безумии и измене народному делу. Генеральный капитан попытался ответить своим обвинителям в базилике Делла Кармине. В своей последней речи Мазаньелло приписал безумные поступки, совершенные им в последние дни, яду, которым его отравили. Он признался, что не хотел никому зла. Вождь в последний раз призвал людей из народа не складывать оружие, если они только хотят сохранить завоевания, добытые в борьбе. Он отверг обвинения в стяжательстве: «Мне лично ничего не надо. Голым я пришел на этот свет, голым и уйду». И тут же начал раздеваться. Архиепископ уговорил его отдохнуть в обители и увез в монастырскую келью. Той же ночью в дверь кельи постучали. Это были заговорщики: несколько капитанов, возглавлявших городские районы. Узнав голос одного из заговорщиков, Мазаньелло открыл дверь, и его тут же застрелили. Тело вождя бросили в ров, а голову принесли вице-королю. Надо отдать должное вице-королю. Он, возможно, под влиянием кардинала Филомарино, устроил павшему вождю торжественные похороны. Процессия с трупом Мазаньелло прошла по центральным районам Неаполя, и повсюду горожане с нескрываемой болью прощались с генеральным капитаном.

Неаполь. Узкая улица Спакканаполи словно ножом разрезает историческую часть города

Неаполь. Бывший королевский дворец Каподимонте

Восстание на этом не закончилось, потому что испанцы почти сразу же вернули отмененные налоги и последовал новый рост цен на продовольствие. Новым народным вождем стал Дженнаро Аннезе, сумевший придать народному недовольству антииспанский характер. Схватки восставших с нобилями и чужеземными солдатами становились все ожесточеннее, пока испанцы не были изгнаны из города. Семнадцатого декабря горожане провозгласили Королевскую Неаполитанскую республику, во главе которой встал французский герцог Энрико II ди Гуиза (Анри де Гиз), предъявивший свои права на престол в качестве наследника короля Рене Анжуйского. Примеру неаполитанцев последовали жители Палермо и Салерно, где восстаниями руководили соответственно Джузеппе д’Алези и Ипполито ди Пастина. С революционными бунтами покончил приход в Неаполь 6 апреля 1648 г. испанского флота под командованием дона Хуана Австрийского, незаконнорожденного сына Филиппа IV.

Эхо неаполитанской революции достигло северных берегов Европы. В Англии в 1649 г. Оливер Кромвель после убийства короля Карла I провозгласил республику. Личности Кромвеля и Мазанеелло в понимании многих европейцев сближались. Например, в Голландии отчеканили медаль, на одной стороне которой был изображен Кромвель, которого венчали короной два солдата; то же самое проделывали с Мазанеелло на оборотной стороне медали два моряка, причем это изображение дополняла надпись: «Рыбак Мазанеелло, король Неаполя в 1647 г.». Знаменитый философ Б. Спиноза, по словам одного из его биографов, любил называть себя «Мазанеелло метафизики».

В 1701 г. восстание против испанцев попытался поднять городской нобилитет (заговор Маккья), но простые неаполитанцы, помнившие предательство знати полувековой давности, отказались его поддержать. Конец испанскому господству положила Война за испанское наследство. В 1707 г. испанская зависимость сменилась на австрийскую.

Два катастрофических бедствия обрушились на Неаполь в XVII в. В 1631 г. произошло извержение Везувия, второе по силе за исторический период (после печально знаменитого бедствия 79 г. н. э.). В память об этом бешенстве подземной стихии на мосту Маддалены (Понте делла Маддалена) поставлена статуя покровителя города Сан-Дженнаро; лицо святого обращено к огнедышащей горе.