Ожидаемо многие образованные современники Галилея поначалу отказались признать его открытия реальными. Даже Кеплер высказался юмористически: «Непонятно, к чему быть [спутникам], если на этой планете нет никого, кто бы мог любоваться этим зрелищем». Но позже, получив экземпляр телескопа, он изменил своё мнение, подтвердил наблюдение спутников и горячо отстаивал открытия Галилея. При этом, будучи астрологом, он сделал необычный вывод: поскольку спутники Юпитера не видны с Земли невооруженным глазом и не могут влиять на наши судьбы, значит, Бог создал их специально для жителей и астрологов самого Юпитера.

Дальше – больше. В последующие годы Галилей открыл фазы Венеры, некую аномалию у Сатурна (позднее было установлено, что это кольца), пятна на Солнце, а затем и факт его вращения вокруг оси. Наблюдения подтверждали и другие авторитетные астрономы.

Казалось, под давлением наглядных доказательств церковь должна пересмотреть космологию Аристотеля и Птолемея в пользу идей Коперника, поэтому Галилей весной 1611 года направился в Рим, чтобы представить кардиналам и папе Павлу V плоды своих изысканий. Его встретили дружелюбно, благо Римская коллегия (Папский Григорианский университет) положительно оценила проделанную работу. Галилей также переговорил с кардиналом Роберто Беллармино, возглавлявшим инквизицию и ранее выступавшим обвинителем на процессе Джордано Бруно, и вроде бы сумел согласовать позиции.

Однако энтузиазм учёного вскоре встретил сопротивление, поскольку, как оказалось, затрагивал актуальную политику. В 1613 году Галилей выпустил книгу «История и демонстрация солнечных пятен» (Istoria e dimostrazioni intorno alle macchie solari), в которой ещё более настойчиво утверждал гелиоцентрическую модель. Многие церковные лидеры сначала приняли её одобрительно; среди них был и кардинал Маффео Барберини, будущий папа Урбан VIII. Благожелательность сменилась подозрением, когда Галилей, отвечая на запрос аббата Бенедетто Кастелли по поводу спора, возникшего вокруг теории Коперника при дворе герцога Пизы, составил большое письмо, в котором позволил себе по-своему трактовать Библию и даже намекнул, что не всему, что в ней написано, следует верить. Письмо вызвало неприятие у священнослужителей: кое-кто из них объявил Галилея еретиком, а в инквизицию стали поступать доносы.

Проблема состояла в том, что в разгар Реформации католическая церковь не могла позволить отклонений от канона, ведь это подрывало её авторитет. Официальную позицию выразил кардинал Беллармино в ответе на письмо неаполитанского кармелита Антонио Фоскарини, датируемом 12 апреля 1615 года: инквизитор заявил, что церковь не возражает против трактовки коперниканства как удобного математического приёма, но принятие гелиоцентрической модели в качестве описания реальности означает признание ошибочности прежних толкований библейского текста: «Утверждать, будто Солнце действительно находится в центре мира и вращается только вокруг себя, не перемещаясь с востока на запад, а Земля располагается на третьем небе и с огромной скоростью вращается вокруг Солнца, – очень опасно, и не только потому, что это раздражает всех философов и теологов-схоластов, но и потому, что это наносит вред Святой Вере, представляя Священное Писание ложным». Камнем преткновения в данном случае стала библейская легенда об Иисусе Навине, который при поддержке Бога остановил на небе Солнце и Луну, чтобы армии враждебных народов не смогли бежать с поля битвы под покровом ночи. Казалось бы, одна из многочисленных мифических историй, но она на столетия развела религию и науку, в результате чего идеологический раскол между ними существенен до сих пор.