Считается, что музей был открыт при содействии настоящего ангела- хранителя памятников российской культуры – архитектора Петра Барановского. Ведь, благодаря возникновению музея, монастырь избежал окончательной гибели и сноса. Именно Барановский привез сюда из взорванного в 1931 году Храма Христа Спасителя шесть монументальных горельефов, которые можно увидеть в Донском и сейчас. Один из них по счастливому стечению обстоятельств как раз изображает сцену благословения Дмитрия Донского Сергием Радонежским перед Куликовской битвой той самой чудотворной иконой.

Основная экспозиция нового музея расположилась в Большом Соборе. Конечно, там были выставлены и макеты новозеландской хижины или индокитайского свайного дома. Но эта, сделанная во многом для отвода глаз, экспозиция помогла не только спасти великолепный восьмиярусный иконостас собора, но и приютить еще один из церкви Мартина Исповедника. Последний, кстати, пережив страшное время гонений, вернулся потом домой на Таганку. А на родном иконостасе в Донском на царских вратах музейным реставраторам удалось даже сохранить позолоту XVII века, которую, говорят, клали на чесночный сок и полировали волчьим зубом.

В этом же Большом соборе в 1937 году после выставки в Пушкинском музее изобразительных искусств разместили огромную авторскую модель Большого Кремлевского дворца архитектора Василия Баженова. Она, кстати, – одна из самых масштабных архитектурных моделей в мире.

В двухэтажной обходной галерее Большого собора разместили экспозицию по истории русской и советской архитектуры. А в Малом соборе до конца 1940-х проводились временные выставки, а потом там возобновились службы.

По окончании Второй мировой, здесь возник еще один музей, вернее филиал Государственного музея русской архитектуры во главе с Алексеем Щусевым. А в 1964-м их слили воедино, образовав Государственный научно-исследовательский музей архитектуры имени А.В. Щусева. И он за этими каменными стенами мирно прожил до 1991 года, когда монастырь был возвращен русской православной церкви.

Храм архангела Михаила благодаря музею тоже сохранился. Сейчас там, как и прежде, остались только усыпальницы князей Голицыных, а во времена музея здесь собрали много других парковых и надгробных скульптур, включая известный памятник Екатерины II скульптора Василия Демут-Малиновского из усадьбы генерала Румянцева, а также несколько надгробий Ивана Мартоса – автора памятника Минину и Пожарскому на Красной площади.

Фондовые хранилища музея, фототека и коллекция дореволюционной архитектурной графики расположились в церкви Иоанна Златоуста, единственной лишившейся своего внутреннего убранства.

А на территории обители вдоль могучих крепостных стен прижилось, кроме уже упомянутых горельефов, крыльцо из знаменитого храма Успения на Покровке. Говорят, что Успенская церковь на Покровке была так хороша, что увидев её в детстве, Василий Баженов захотел стать архитектором. На бесподобную мраморную резьбу этой лестницы можно полюбоваться и сейчас. Любой желающий может прийти и посмотреть на уникальную мраморную резьбу по белому мрамору.

Нашли здесь последнее пристанище и наличники с Сухаревской башни, части окон из затопленного на Волге в Калязине Троицко-Макарьева монастыря и фрагменты церкви Николы «Большой Крест» у Красных ворот.

И, конечно, некрополь монастыря пополнился надгробиями с других разрушенных московских кладбищ. Собственно, весь Донской стал тогда одним большим архитектурным некрополем, печальным и величественным. С порталами никуда уже не ведущих дверей, оконными проёмами, которые никуда не глядят, и мраморными ступенями, которые никуда не ведут.