Во втором послании, скорее всего от 29 сентября 1452 г., Иона писал Евфимию, что до него дошли его «речи». В них Евфимий писал: «…будтось яз посылаю к тобе и пишу о князи Дмитреи Юрьевичи, а называя его сыном». Но посмотри в ту посланную мной грамоту, ведь в ней «не велю с ним ни пити, ни ести? Занеже сам себе от христианства отлучил… (пропуск в рукописи) своему брату старейшему великому князю Василию Васильевичу, а еще он же, своею волею, какую великую церковную тягость на себе положил и неблагословение всего великого Божиа священьства, да и грамоту на себе написал, что ему потом брату своему старейшому великому князю и всему христьанству лиха никакого не хотети, ни починати; да то все изменил».

Евфимий писал митрополиту Ионе, что прежде князья приезжали в Новгород «и честь им въздавали по силе», а митрополиты таких грамот, как Иона «с тягостию», не присылали. Но ведь тогда и князья такого лиха не чинили, как Шемяка, возражал ему Иона. Князь Дмитрий ведь «княгиню свою, и дети, и весь свой кош оставя в вас в Великом Новегороде, да, от вас ходя в великое княжение, христианство губил». Митрополит писал, чтобы Евфимий с посадником, тысяцким и Великим Новгородом послали «с челобитьем и со всею управою» к Василию II, и обещал за них «печаловаться».

Как видим, «идеологическая атака» не удалась. Тогда Василий II решил покончить с соперником иным образом. В Новгород отправился посол дьяк Василия Степан Бородатый с большой суммой денег и «лютым зельем». Ему удалось подкупить боярина Шемяки Ивана Котова, а тот, в свою очередь, подкупил повара, служившего Шемяке. И прозвище-то было у повара вполне подходящее – Поганка. И вот Поганка поднес князю яд «в куряти». Дмитрий болел 12 дней и 17 июля 1453 г. скончался.

23 июля, в понедельник, Василий II в Москве в церкви Бориса и Глеба, «что на рву», слушал вечерню, а 24 июля был день поминовения блаженных страстотерпцев князей Бориса и Глеба, которые стали жертвами убийц, подосланных братом («приятное» совпадение для Василия II и его бояр). Прямо в церковь ворвался гонец из Новгорода и сообщил великому князю о смерти Шемяки. Василий впал в неприличную радость. Гонец, а им оказался подьячий Василий Беда, был немедленно пожалован в дьяки. Позже дьяк Беда стал доверенным лицом Василия II и составителем его завещания.

Митрополит Иона, бывший соратник Шемяки, а теперь верой и правдой служивший Василию, запретил поминать отравленного князя. В ответ игумен Боровского монастыря Пафнутий самого Иону не велел именовать митрополитом.

Тогда Иона послал в Боровский монастырь митрополита и бояр с дружинниками, которые доставили Пафнутия в Москву. Там митрополит на игумена «страшную брань положил». Пафнутий же продолжал стоять на своем и очутился в железах в монастырской тюрьме. Однако эта расправа вызвала возмущение большей части духовенства. И, как сказано в летописи, «…митрополит смирился и сам пред Пафнотием повинился и мир дав ему и дарова его и отпусти его с миром о Христе Исусе. И Пафнотей до конца поминовал князя Дмитрея».

Известен и еще один случай неподчинения церковных иерархов Василию II. Так, узнав об отравлении Шемяки, троицкий игумен Мартиниан публично наложил на Василия строгую епитимью (церковное наказание). Неизвестно, стал ли Темный выполнять епитимью, но с 3 июля 1453 г. великий князь перестал называть в своих грамотах троицкого игумена по имени. А летом 1454 г. Мартиниана заставили покинуть Троицу и уйти в Феропонтов монастырь на Белое озеро. На его место был назначен троицкий старец Вассиан Рыло. Позже Мартиниан Белозерский был причислен к лику святых так же, как и Пафнутий Боровский.