Обобщая вышеизложенное, отметим, что развитие инновационной деятельности в России сдерживается следующими основными причинами:

• неоптимальное сочетание прямых и косвенных методов регулирования; государственного и частного капитала (ограничивающие самостоятельность и сдерживающие активную предпринимательскую деятельность хозяйствующих субъектов);

• несоответствие бюджетных доходов сдвигу от преимущественно отраслевой к территориальной форме организации экономики (ограничивающее финансовые возможности и качество предоставления поддержки хозяйствующим субъектам, осуществляющим инновационную деятельность на соответствующих территориях);

• неэффективность законопроектов (из-за нарушения сочетания принимаемых мер с действующими нормами и противоречия общепринятой тенденции снижения налоговой нагрузки);

• нечеткость формулировок, отсутствие общепринятых или законодательно установленных определений терминов и понятий (сужающие спектр возможных применений действующих налоговых льгот и тормозящие введение новых налоговых стимулов; усложняющие доказательства налогоплательщиками самого факта осуществления им НИОКР или инновационной деятельности, а также сделок с интеллектуальной собственностью);

• недостаточность, бессистемность, неэффективность действующих мер (из-за отсутствия связи с фазами жизненного цикла продукта, стадиями инновационного процесса, видами экономической деятельности и отраслевой принадлежности; при этом действующие меры имеют фрагментарный, точечный характер и охватывают отдельные сегменты инновационной деятельности );

• неотлаженность механизма и процедур налогового администрирования (предприятиям проще работать вне льготного режима, чем доказывать налоговым органам право на использование льгот; соотношение выгод от возможного применения льгот и рисков дополнительных проверок и прохождение через различные бюрократические процедуры пока вынуждают налогоплательщиков к отказу от налоговых льгот);

• отсутствие налогового стимулирования организаций – посредников (организаций, которые содействуют установлению связей между организациями науки и предприятиями);

• отсутствие стимулов инвестирования в инновационную сферу деятельности (как следствие – отсутствие притока денежных средств);

• низкий уровень социализации инновационной деятельности хозяйствующих субъектов (способствующий регулированию сферы потребления инновационной продукции);

•отсутствие в Налоговом кодексе четко прописанной процедуры налогового контроля и налогового мониторинга процесса налогового стимулирования инновационного развития (как постоянно действующей системы сбора, изучения и подготовки информации для принятия и анализа решений);

• отсутствие комплексного Закона об инновационном развитии экономики (объединяющего разрозненные нормативно-правовые акты и способствующего созданию стабильной системы введения и отмены налоговых льгот в сфере инновационной деятельности).

Нормативное правовое обеспечение регулирования инновационной деятельности в СССР в конце 80-х годов было представлено в виде «Методических рекомендаций по комплексной оценке эффективности мероприятий, направленных на ускорение научно-технического прогресса». К началу 90-х годов единственным методическим руководством тех лет являлись «Методические рекомендации по оценке эффективности инвестиционных проектов», которые, как следует из названия, не были ориентированы на учет особенностей научно-технической деятельности.