Беспокойство старой царицы не было случайным. Ее по-своему нелегкая, со стремительными взлетами и оглушительными падениями жизнь протекала в тревогах за сына и в приступах раннего недомогания. Жить Наталье Кирилловне оставалось несколько месяцев. Петр вернулся в самом конце сентября 1693 года. Тут же окунулся в дела, связанные с приготовлением нового похода по Белому морю. Дела эти требовали частых отлучек. В середине января 1694 года пришло тревожное известие о болезни матери. Болезнь оказалась скоротечной. 25 января, на 42-м году жизни, царица скончалась. Петр не любил переживать на людях. Он затворился со своей печалью в одиночестве, по сути, бежал ото всех. О глубине его скорби можно судить по короткому посланию Апраксину. «Федор Матвеевич! – писал царь двинскому воеводе. – Беду свою и последную печаль глухо объявляю, о которой подробно писать рука моя не может, купно же и сердце. По сих, яко Ной, от беды мало отдохнув и о невозвратном оставя, о живом пишу». В этом признании царь прописал себе рецепт одоления «невозвратного». Для него это – «живое», необходимое дело, которое следует, несмотря ни на что, торопить и двигать. Тогда этим делом было задуманное плавание по Белому морю, позднее – всякие иные дела, в которых у Петра никогда недостатка не было, а была всего лишь одна проблема – какое дело самое наипервейшее?

И все же в этой печальной истории прощания сына с матерью есть свои темные стороны. Петр бежал от своего горя и от страданий умирающей Натальи Кирилловны, даже не подумав о том, что, быть может, очнувшись, она пожелает в последний миг своей земной жизни увидеть его. Мы не знаем, была ли царица в памяти или без памяти в свои последние часы. Зато точно знаем, что ее взгляд не мог найти среди скорбящих ненаглядного Петрушу. «Но все-таки сыну оставлять умирающую мать – противно чувству!» – не удержавшись, воскликнул один из первых биографов Петра, историк М.П. Погодин.

В мае 1694 года Петр отправился в путешествие по морю на Соловки. Во время плавания яхту настигла буря. Ветер был такой силы, что моряки не надеялись остаться в живых. Петр причастился. Но судьба хранила путешественников – вывернулись, проскользнули в Унскую губу, где волны бесновались не с такой силой. В память о спасении царь собственноручно поставил на берегу крест.

В 1630 году недалеко от места высадки Петра водрузил подобный крест анзерский иеромонах Никон. Водрузил по причине своего еще более невероятного спасения: в бурю угодила не яхта – лодка, чудом добравшаяся до пустынного кийского берега. Крест был обетный: старец обещал основать на месте спасения обитель и слово сдержал. Став патриархом, Никон, а это был именно он, построил здесь знаменитый Крестный монастырь.

Петр монастырь заложить не обещал да и число монахов множить не собирался. Потому обошелся крестом в прославление Спасителя. Впрочем, без петровского своеобразия не обошлось – крест украшала надпись на голландском языке, без упоминания царского имени: «Сей крест сделал шкипер Петр в лето Христово 1694».

По возвращении из Соловков на воду был спущен корабль «Святой Павел». Несколько позже в Архангельск пришел купленный в Голландии фрегат «Святое пророчество». Теперь уже царь мог встречать и провожать иностранные торговые суда под собственными стягом. Событие для Петра было архиважным, и он не скрывал радости: «Что давно желали, ныне совершилось». В завершение навигации 1694 года русская эскадра из трех кораблей проводила торговцев до Канина (Святого) Носа. Петр не отказал себе в удовольствии попрощаться с негоциантами орудийным залпом.