При позднейших перестройках новая крепость слилась со зданиями Резиденции Виттельсбахов, возникшей в начале XVI века. Реконструкция, достройка и отделка велись в духе времени и отвечали архитектурным пристрастиям проживавших здесь до 1918 года баварских герцогов, курфюрстов и королей, так что на протяжении столетий различные архитектурные стили и элементы срастались друг с другом.
Во дворы Резиденции ведут парные Триумфальные ворота роскошного фасада в стиле Возрождения, так называемой Максимилиановской Резиденции, с архитектурными мотивами традиционной мюнхенской фасадной росписи.
Левые ворота ведут в Императорский двор, бывший центр резиденции Максимилиана I, возникшей в основном в 1620-е годы. Здесь прекрасно реконструирована анфилада: императорская лестница, императорский зал с произведениями искусства и настенными коврами времён Петра Кандида и более поздними, зал четырёх белых лошадей с изображениями античных божеств на потолке. Западное крыло императорского двора, названное флигелем каменных покоев из-за обилия каменных полов, служил Максимилиану I жилым помещением. Этот флигель с гобеленами и расписными потолками отделан искусной резьбой по дереву и по гипсу. В том же духе украшен и восточный флигель (флигель трирских покоев). Зал Макса-Йозефа (ранее Геркулесов зал) для званых ужинов и торжеств в южном флигеле (на Дамском этаже) приобрел своё убранство в стиле классицизма благодаря Андреасу Гертнеру в 1814–1815 гг.
Дамский этаж ограничивает с северной стороны двор часовни, где находится вход в Государственную нумизматическую коллекцию. Коллекция, появившаяся благодаря страсти герцогов, курфюрстов и королей к собирательству (в том числе старинных и экзотических денег), стала крупнейшим в своём роде собранием в Германии: 2500 предметов на выставке и 250 000 в научном хранилище.
Придворная часовня XVII века с тремя этажами внутри и со множеством окон напоминает в общих чертах церковь Святого Михаила (Michaelskirche).
С восточной стороны ко двору часовни примыкает Фонтанный двор с возвышающейся над ним башней Резиденции, часовой башней 1615 года постройки, и Виттельсбахским фонтаном. Этот фонтан с речными божествами (Дунай, Лех, Изар, Инн) и аллегорическими изображениями четырёх стихий тоже сооружён в начале XVII века. Двухэтажный фасад Фонтанного двора в форме вытянутого восьмиугольника служит обрамлением для проводимых здесь летних концертов.
В 1568 году Альбрехт V распорядился построить здесь для герцогской библиотеки и античной коллекции **Антиквариум. Спустя тридцать лет герцог Вильгельм V поручил Фридриху Сустрису превратить его в зал для торжественных церемоний. Зал украшают 300 бюстов (античные оригиналы или их копии) и более 100 изображений городов, замков и крепостей тогдашнего герцогства Бавария. Зал, расположенный над Антиквариумом, до 1581 года служил библиотекой, с XVII века вошёл в число княжеских жилых покоев и, наконец, стал комнатой курфюрста Макса III Йозефа. Особенно примечательны здесь картины Бернардо Беллотто, известного как Каналетто.
Антиквариум – парадный зал Резиденции с роскошным убранством в стиле Возрождения.
Под руководством Сустриса к Антиквариуму были пристроены корпуса Гротового двора, в западной части которых герцог Максимилиан I, ставший курфюрстом в 1623 году, велел соорудить Богатую часовню, место для богослужений. В 1730 году с перестройки нескольких помещений начал свою деятельность в Резиденции Франсуа Кювилье-старший. Он создал