В 1903 году Голиков получил назначение на достраивающийся эскадренный броненосец «Князь Потемкин-Таврический». С началом Русско-японской войны вице-адмирал Макаров запросил Морское министерство прислать Голикова к нему в Порт-Артур (кроме Голикова он просил прислать к нему капитана 1-го ранга Миклуху и нескольких других офицеров, которых лично знал по боевым делам в Турецкую войну). Однако капитан 1-го ранга Голиков был оставлен на Черном море. Дело в том, что никто тогда еще не знал, как пойдет война, и в министерстве имелся план посылки на Дальний Восток отряда черноморских кораблей, и в т. ч. и «Потемкина». Когда же этот поход был отменен, Голикову был поручен скорейший ввод сильнейшего броненосца Черноморского флота в боевой состав, чем, собственно, летом 1905 года он и занимался.

В воспоминаниях матюшенковца Н. Рыжего командир броненосца Голиков предстает таким: «…Выше среднего роста, борода с проседью в форме лопатки, тупое выражение лица, манеры аристократа». Насчет манер аристократа спорить сложно, но вот насчет «тупого выражения лица» имеются сомнения. На дошедшем до нас портрете Е. Голикова у него, наоборот, на редкость интеллигентное и приятное лицо. Впрочем, для матроса Н. Рыжего идеалом интеллектуала, видимо, был приблатненный корабельный «пахан» Матюшенко.

И. И. Пономарев в книге «Герои “Потемкина”» пишет: «Голиков… озверел. Он перестал уезжать на ночь домой, оставался на броненосце и каждую ночь обходил кубрики. Голиков наполовину сократил команде время на обед и стирку белья. Матросы вынуждены были стирать по ночам. С утра до вечера матросов гоняли то на ученья, то на работы. По приказанию Голикова ввели ежедневное мытье палуб с протиркой песком. Матросов избивали за самые малейшие проступки. Ухудшилось их питание».

О питании мы уже говорили. Командир, который в день мятежа договаривается с местными рыбаками о поставке на корабль большого количества свежей рыбы для улучшения матросского стола, – это, скажу я вам (как человек, прослуживший в российском ВМФ более 30 лет), очень и очень заботливый командир. А в чем же остальные зверства Голикова? В том, что мало сходил с корабля и все силы отдавал приведению корабля в нормальное боевое состояние? Командир обходил по ночам кубрики! Так это, кстати, вообще вменялось в обязанность офицерам на советском флоте! Голиков делал это по собственной инициативе, что тоже говорит о нем только как о трудолюбивом и ответственном командире. То, что с утра до вечера на корабле игрались учения и проводились работы, так для этого, собственно, матросы и служат, а не для того, чтобы валяться пузом кверху на палубе. О ежедневном мытье палубы я уже молчу! Корабль на то и корабль, чтобы на нем ежедневно проводилась приборка, причем несколько раз! Так происходит на всех кораблях нашего ВМФ и сегодня! Насчет избиений позволю себе вообще не согласиться с Пономаревым, так как даже при всей своей предвзятости ни один из реальных потемкинцев в своих мемуарах не привел ни одного акта избиения матроса офицерами броненосца. Увы, книга И. Пономарева «Герои “Потемкина”» – одно из многих историко-фантастических произведений на «потемкинскую» тему.

Отметим, что помимо командования кораблем Голиков серьезно занимался расчетами организации централизованной стрельбы отрядом кораблей в морском бою. Именно из-за отсутствия такой централизации в ведении огня в определенной мере было проиграно Цусимское сражение. После смерти Голикова его работу продолжит контр-адмирал Цывинский. Результаты этой деятельности будут потрясающими, и к началу Первой мировой войны российский флот стрелял точнее всех в мире. К 1905 году по возрасту, прохождению службы и заслугам капитан 1-го ранга Голиков был уже вполне достоин контр-адмиральских эполет. Скорее всего, все так бы и произошло, если бы не трагические события июля 1905 года.