Федор Никитич после смерти отца тоже жил открытым домом. Об этом пишут иностранцы. В частности, голландец Исаак Масса пишет, что дом Федора Никитича всегда был полон гостей, которых он щедро принимал. Здесь мог бывать и Иван Грозный – отношения у них были самые близкие.
В 1596 году в усадьбе на Варварке у Федора Никитича и его жены Ксении Ивановны родился сын Михаил, который стал родоначальником новой царской династии – Романовых.
В 1600 году всех «Никитичей», так звали братьев Романовых, постигла страшная беда: их обвинили в заговоре, попытке отравить царя Бориса Годунова и притязаниях на престол. У Александра Никитича в подклете нашли «корешки», которыми якобы хотели отравить царя. По приказу Годунова несколько сот стрельцов было отправлено во двор Романовых на Варварке. Под стенами усадьбы произошло настоящее сражение, «так как боярская свита оказала отчаянное сопротивление… некоторых опальных убили, некоторых арестовали и забрали с собой». Всех братьев Никитичей, их детей и родственников арестовали и по боярскому приговору сослали в разные места.
Федора Никитича сослали в Антониево-Сийский монастырь под Архангельск и насильно постригли в монахи, он стал Филаретом. Монашеский сан отрезал ему путь к московскому трону. Это было нужно Годунову – он рубил род Романовых почти под корень. Жену Фёдора, Ксению Ивановну, тоже насильно постриженную под именем Марфа, сослали во владения Вяжецкого монастыря в Новгородский уезд. Их дети, четырехлетний Михаил и дочь Татьяна, вместе с тетками стали узниками Белозерской тюрьмы.
Двор на Варварке опустел, скорее всего, он был отписан на государя.
В 1605 году в Москву въезжает Лжедмитрий I. Он считает себя Рюриковичем, царевичем Дмитрием. Значит, Романовы – его родственники. И он возвращает из опалы тех, кто выжил: Филарета с семьей и его брата Ивана Никитича. Остальные братья погибли. Их останки по повелению Лжедмитрия тоже привозят сюда и хоронят в Ново-Спасском монастыре. Иван получает чин боярина, а Филарет – сан Митрополита Ростовского.
Однако приключения на этом не заканчиваются – появляется еще один Лжедмитрий. Филарет попадает в плен к Лжедмитрию II, а тот венчает его патриархом.
В 1610–1612 годах Миша Романов с матерью инокиней Марфой был в Москве и испытал на себе все ужасы польской оккупации, а потом и кремлевской осады. В октябре 1612 года войска второго ополчения под предводительством Д. Пожарского и К. Минина изгнали поляков из Москвы. В феврале 1613-го в Москве собрался Земский Собор, который избрал нового царя – Михаила Федоровича Романова.
Но до этого – еще одна история. Правительство Шуйского в 1610 году назначило Филарета в посольство к польскому королю Сигизмунду III просить на русский трон его сына царевича Владислава на определенных условиях. Но Сигизмунд III отказался выполнять условия и сам захотел сесть на московский трон. Отказавшись подписать подготовленный польской стороной окончательный вариант договора, Филарет был арестован поляками и оставался в плену долгих 9 лет. Освободить его из плена удалось только после долгих переговоров. К тому времени его сын уже был на престоле. Приехав в Россию, Филарет понял, что положение у него шаткое. Какой он патриарх? Ведь этот титул дал ему Лжедмитрий II! А сын хочет, чтобы он был законным патриархом.
22 июня 1619 года иерусалимский патриарх Феофан, специально приглашенный в Москву, ставит Филарета патриархом Московским и всея Руси.
И тогда принимается простое и остроумное решение. В 1619 году всех восточных, греческих патриархов собирают на Большой Всемирный Собор, который – уже законно – делает Филарета патриархом России.