Но тут в карьере Мустафы Кемаля возникло неожиданное препятствие. Дело в том, что в академии Кемаль впервые всерьез занялся политической деятельностью. Он объединил вокруг себя группу офицеров, недовольных реакционным и репрессивным режимом султана Абдулы-Хамида II, опиравшимся на идеи панисламизма. Вместе со своими друзьями Исмаилом Хакки и Али Фуадтом Кемаль стал издавать подпольную рукописную газету. Но вскоре после окончания академии тайная полиция султана выследила и арестовала всех трех по обвинению в противозаконной критике султана. Они провели десять дней под стражей. Однако вмешались высокопоставленные офицеры Генштаба, и Кемаля и его друзей освободили. Но досье Кемаля было передано в специальный штабной директорат, контролировавший распределение выпускников академии. И там решили на всякий случай отправить Кемаля и его друга Али Фуада подальше от столицы, в штаб 5-й армии в Дамаск. Казалось, что их карьера надолго застопорилась, но вскоре произошли события, которые ее ускорили. И так в дальнейшем не раз случалось в жизни Кемаля. Очередная опала или неудача становились лишь ступеньками на пути к конечной победе.

Как пишет азербайджанский историк Г.З. Алиев, «Мустафа Кемаль после окончания военной академии в январе 1905 г. был арестован властями за политическую неблагонадежность. Будучи освобожден через два месяца (на самом деле – через 10 дней. – А. В.), он был направлен на обязательную стажировку, предусмотренную для выпускников военной академии, в кавалерийский полк Пятой армии, расположенной в Дамаске, хотя ранее, по просьбе самого Кемаля, стажировка должна была проходить в Третьей (македонской) армии, расположенной на родине Кемаля в Салониках». Конечно, Кемаль огорчился, что ему не довелось служить на родине, но можно сказать, что в целом он легко отделался.

После выпуска новые офицеры Генерального штаба должны были отслужить во всех трех основных родах войск: пехоте, артиллерии и кавалерии, чтобы познакомиться с армейской жизнью и основными системами вооружений. Это делалось для приобретения практического опыта. При этом не предполагалось, что офицер Генерального штаба будет далее служить в той части, где он проходил практику.

По прибытии в Сирию Кемаль был первоначально определен в 30-й кавалерийский полк, где участвовал в обучении солдат и возглавлял небольшие операции против отрядов арабских повстанцев или просто бандитов. Затем его отправили в отдельный пехотный батальон в Палестину, где он продолжал заниматься обучением солдат, но теперь уже в пустыне Негев и возглавлял патрули на египетской границе.

Кемаль оставался политически активным. Он по-прежнему терпеть не мог правительство Абдулы-Хамида, под панисламистскими лозунгами консервировавшее отсталость империи. Молодой офицер в октябре 1905 года создал революционную организацию «Ватан ве Хюррийет» («Родина и свобода»). Разъезжая по всему району дислокации 5-й армии, он создавал на местах ячейки организации. Полагая, что Шюкрю-паша, инспектор артиллерии 3-й армии в Салониках, сочувствует целям организации, Кемаль взял отпуск для лечения и отправился на родину, где также начал создавать секретные ячейки оппозиционеров. Едва избежав ареста, он вернулся в Сирию. Созданные им ячейки сыграли немаловажную роль в последующем революционном движении младотурок.

В Дамаске Кемаль убедился, как арабы «любят» Османскую империю: одни за другими йеменцы, друзы и сирийские арабы поднимали восстания, а Союз арабов требовал независимости для всех арабских территорий Османской империи. Приходилось искать в Анатолии тысячи новых рекрутов для отправки их в эти по большей части пустынные и неприветливые земли.