По многим параметрам Федеральный закон был декларативен. Многие его важнейшие установления не подкреплялись правовыми механизмами их реализации и не действовали. Норма о необходимости передачи органам местного самоуправления материальных и финансовых ресурсов, необходимых для осуществления возлагаемых на них государственных полномочий, не была гарантирована какими-либо процедурами. Она просто воспроизводила требование Конституции РФ. И поскольку другие законы, определяющие порядок и условия передачи органам местного самоуправления государственных полномочий, не принимались, не было никаких препятствий (кроме общей нормы Конституции) для возложения на муниципалитеты все новых и новых обязательств, ставивших их на грань банкротства.

Закон нужно было менять. В сущности, к этому выводу пришла рабочая группа, занимавшаяся вопросами местного самоуправления в рамках Государственного совета. Однако некоторые из предлагавшихся ею решений вызывали возражения с точки зрения их конституционности. К тому же становилось все более очевидным, что назревшие перемены в правовом положении местного самоуправления необходимо рассматривать в контексте общей проблемы разграничения полномочий и ответственности между всеми уровнями власти.

В июне 2001 г. при Президенте РФ была создана Комиссия по подготовке предложений о разграничении предметов ведения и полномочий между федеральными органами государственной власти, органами государственной власти субъектов Российской Федерации и органами местного самоуправления во главе с заместителем руководителя Администрации Президента РФ Д.Н. Козаком. С этого момента разработка правовых проблем местного самоуправления резко ускорилась. При этом определение путей муниципальной реформы велось с учетом установки на неизменность Конституции Российской Федерации. Как показали позднее результаты деятельности комиссии, ей нельзя было отказать в гибкости осмысления конституционных идей. При всем том текст Конституции оставался нетронутым. Вопросы о ее уточнении комиссия не поднимала и отвергала всякие упреки в неконституционности тех или иных ее предложений.

В апреле 2002 г. В.В. Путин в очередном президентском Послании Федеральному Собранию затронул проблемы местного самоуправления. Он отметил, что в течение длительного времени федеральные власти практически не уделяли внимания местному самоуправлению. Это в конечном итоге негативно сказалось на жизненном уровне населения. Президент назвал одним из источников сложившейся ситуации низкое качество законодательной базы местного самоуправления. Федеральный закон о местном самоуправлении и соответствующие акты субъектов Федерации лишь в малой степени согласованы с реальным состоянием местного самоуправления. В Послании были обозначены насущные вопросы развития местного самоуправления и заявлено, что они должны быть отражены в новой редакции Федерального закона «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации». «Без дееспособного местного самоуправления, – подчеркнул В.В. Путин, – эффективное устройство власти в целом считаю невозможным. Кроме того, именно здесь, на местном уровне, есть огромный ресурс общественного контроля за властью. И на этом уровне мы обязаны навести порядок. Тот порядок, о дефиците которого говорят и пишут граждане страны».

Таким образом, в споре о том, необходима или нет новая редакция Федерального закона о МС, была поставлена точка. Это не значит, что идея радикального обновления Федерального закона с этих пор перестала вызывать сомнения у кого бы то ни было. Но официальные и «полуофициальные» структуры, в том числе Конгресс муниципальных образований, теперь руководствовались установкой Президента. И Комиссия Д.Н. Козака тоже готовила свои предложения, опираясь на эту установку. Существенным идейным подспорьем в ее работе стала Программа развития бюджетного федерализма в Российской Федерации на период до 2005 г., принятая в августе 2001 г. Правительством РФ.