Тем не менее в некоторых субъектах Федерации на территориях существующих административных районов и в крупных городах органы государственной власти – представительные и исполнительные – продолжали действовать. В других субъектах Федерации территориальные вопросы и, соответственно, вопросы организации власти решались по-иному. Причем субъекты Федерации иногда определяли территориальное устройство местного самоуправления не по объективным основаниям, а в угоду вкусам и предпочтениям региональных лидеров. Общая тенденция за время, прошедшее с 1993 г., состояла в сокращении числа муниципальных образований. К концу 2000 г. количество муниципальных образований уменьшилось с 25 до 12 тыс. В частности, в 16 субъектах Федерации были упразднены районные муниципальные образования, в 49 – муниципальные образования сельских округов. В ряде субъектов перестали существовать не только поселковые, но и городские муниципальные образования. Не было ни одного муниципального образования в Республике Алтай. Всего 2 муниципальных образования (поселки) существовало в Республике Саха (Якутия). Полностью отсутствовали эти образования в Республике Ингушетия.

К указанному времени типология муниципальных образований выглядела следующим образом:

образования на уровне административных районов – в 4 субъектах Федерации;

на уровне административных районов и городов – в 33 субъектах Федерации;

на уровне административных районов, городов и сельских округов – в 26 регионах;

на уровне сельских округов и поселков – в 4 регионах; на уровне городских районов и сельских округов – в 2 регионах;

на уровне городских районов и сельских округов – в 2 регионах.

В пяти субъектах Федерации территории муниципальных образований не были определены вовсе либо муниципальными образованиями являлись лишь отдельные территориальные единицы. Поскольку муниципальные образования во многих случаях создавались без учета целей эффективного исполнения функций местного самоуправления и максимального приближения муниципальной власти к населению, территориальная организация местного самоуправления в целом не отвечала своему назначению.

Выход из этой ситуации был найден не сразу. Поиски шли в разных направлениях. В мае 2000 г. в Государственную Думу Президентом РФ был внесен проект федерального закона об изменении Федерального закона от 28 августа 1995 г.№ 154-ФЗ, содержавший, в частности, предложение об исключении из перечня территориальных единиц, где создавались муниципальные образования, районов (уездов). Если бы это предложение было принято, то на уровне районов устанавливалась бы государственная власть, а местное самоуправление повсюду опускалось бы на уровень сел, деревень, сельсоветов (сельских округов) и поселков. Но тогда пришлось бы переписывать в Федеральном законе о местном самоуправлении перечень вопросов местного значения применительно к новому распределению ролей между государственной и муниципальной властью в сельской местности, к чему не были готовы ни автор законопроекта, ни законодатель. Была другая возможность – оставить и район, и «низовые» территории в качестве самоуправляющихся единиц, учитывая, что сложившаяся инфраструктура предполагает управление с двух уровней власти. Но в этом случае следовало разграничить сферы деятельности этих уровней. Так и предполагалось сделать по Федеральному закону № 154-ФЗ. Но эта мера была осуществлена только в нескольких субъектах Федерации путем принятия соответствующих региональных законов. Логика подсказывала, что это разграничение необходимо сделать на федеральном уровне, но опять-таки для этого, судя по обстоятельствам, не все «созрели».