В 1993 году были созданы Бригады (Батальоны) «Изз ад-Дин аль-Кассам» – военное крыло организации «Хамас», названной в честь исламского священнослужителя периода Британского мандата в Палестине Изз ад-Дина аль-Кассама. На момент создания организации ее целью было препятствие террористическими методами любым мирным переговорам с Израилем.
С началом Второй интифады группировка стала главной мишенью израильских сил безопасности. Сила организации и ее способность организовать сложные и смертоносные теракты стали неожиданностью для многих аналитиков, в первую очередь из спецслужб Земли обетованной. Несколько ячеек Бригад «Изз ад-Дин аль-Кассам» действовали на Западном берегу, однако, в ходе многочисленных операций Армии обороны Израиля, почти все они к 2004 году были ликвидированы. Вместе с тем в секторе Газа, который является оплотом Хамаса, группировке удалось сохранить силовой контроль.
В 1993 году в Осло состоялись арабо-израильские переговоры. По их итогам была основана Палестинская национальная администрация (ПНА), которой было передано управление частью захваченных территорий. В 1996 году в Палестине прошли выборы президента и законодательного совета, победу на которых одержали Ясир Арафат и основанная им партия ФАТХ. Формально ПНА создавалась как переходное (на 5 лет) правительство Палестины на время урегулирования всех спорных вопросов с Израилем. Несмотря на то что первоначальный срок действия администрации истек в 1999 году, окончательный статус территорий не определен до сих пор.
В 2000 году в Палестине вспыхнула Вторая интифада («Интифада аль-Аксы») в знак протеста против посещения премьер-министром Израиля Ариэлем Шароном Храмовой горы в Иерусалиме. Она продолжалась 4 года, до кончины лидера ООП Ясира Арафата и уничтожения в результате «точечной ликвидации», осуществленной израильскими спецслужбами, основателя «Хамаса» шейха Ахмеда Ясина. Палестинскую автономию возглавил более умеренный Махмуд Аббас. В 2005 году Израиль окончательно вывел свои войска из всех поселений сектора Газа в рамках плана одностороннего размежевания.
В начале 2001 года появилась палестинская военизированная группировка «Бригады мучеников аль-Аксы», позиционирующая себя как военизированное крыло ФАТХ. Всего в результате террористических атак группировки погибло 126 мирных граждан Израиля.
Если обратиться к истории деятельности израильской службы безопасности «Шабак», то ситуация с ней ничем не отличается от внешней разведки. Официально ее обвиняют в двух крупных провалах: непредотвращении убийства премьер-министра страны Ицхака Рабина 4 ноября 1995 года после выступления на многотысячном митинге в поддержку мирного процесса на Площади Царей Израиля (сейчас площадь Рабина) в Тель-Авиве и побеге из страны сотрудника израильского ядерного центра Мордехая Вануну (сообщил британским журналистам о сверхсекретной израильской программе по созданию ядерного оружия) в 1985 году.
На самом деле просчетов в деятельности «Шабака» значительно больше. Начиная от безнаказанной деятельности многочисленных агентов и кадровых сотрудников советской внешней разведки и заканчивая неспособностью предотвратить интифаду. «Шабак» обвиняют в том, что он не смог предотвратить антиизраильское восстание на территории Палестины.
Первая интифада длилась с 9 декабря 1987 года по 1993 год и фактически закончилась созданием Палестинской автономии. Вторая интифада началась 27 сентября 2000 года и формально продолжается до сих пор. В результате Израилю нанесен колоссальный экономический ущерб и резко возросло количество террористических актов, совершенных на территории Земли обетованной и контролируемых ею территориях.