Вся Москва лежала в дымящихся развалинах: «Церкви святыя запалены быша и падошася, а каменыя стоаша выгоревши внутри и сгоревша вне…»

Дмитрий Донской возобновил Спасский храм и завещал ежегодное пожертвование в пользу монастыря немалой по тому времени суммой – 15 рублей. Многие князья жаловали монастырь деревнями, землей и иными угодьями. Иван III же, заботясь о престиже своей власти, начал большую перестройку в Кремле и повелел вывести из Кремля Спасский монастырь далеко за Яузу, на высокий и крутой берег Москвы-реки, где и был основан новый Спасский монастырь, а в Кремле осталась древняя церковь Спаса, ставшая дворцовой, великокняжеской.

Есть известие о том, что сын Ивана III, великий князь Василий Иванович, в 1527 г. построил новую церковь, но, как предполагал И.Е. Забелин, это известие может относиться лишь к пристройке к ней приделов с южной стороны, а сама же церковь осталась такой же маленькой, какой и была во времена Ивана Калиты. На это обратил внимание известный архидиакон, путешественник и писатель Павел Алеппский в своем описании путешествия антиохийского патриарха Макария в Россию.

С устройством новых церквей для великокняжеского двора, так называемых верховых церквей, Спасский храм становится приходским для дворцовой прислуги: «Весь дворец, ключники, и стряпчие, и сытники, и приспешники, и повары тут приходят, и рано для их служба живет, чтоб отправясь шли, всяк на свой приспех, к Царьскому столу готовить».

В XVIII в. Спасский собор, как, впрочем, и весь Кремль, стал ветшать, лишась бдительного ока царя. Много раз собор осматривали архитекторы и неизменно доносили обо всех новых и новых ветхостях, которые надо было исправлять. Вот в 1730 г. сообщалось, что сквозь своды шла течь, черепица во многих местах обвалилась и «поросло лесом, березы, осины и рябины».

Так шло до XIX в. В наполеоновское нашествие храм уцелел, хотя и был ограблен.

Только в 1850—1860-х гг. храм отреставрировали по проекту известного тогда архитектора Ф.Ф. Рихтера и заново расписали. Особенное внимание при подновлении храма было обращено на место захоронения просветителя зырян (или, как их тогда называли, пермяков) – святого Стефана Пермского.

Он еще мальчиком, живя в своем родном городе Устюге, научился чтению – «всей грамотичной хитрости и книжной силе». Таким любознательным людям, как Стефан, была тогда одна дорога – в монастырь, где он обрел многих своих товарищей, таких же искателей истины и света. Тринадцать лет провел Стефан в Григорие-Богословском монастыре в Ростове – и после этого он решился стать миссионером, как «издавна у него сдумано бяше». Он выучился зырянскому языку и принялся за составление азбуки, так как зыряне «не знаху, что есть книги», для чего он воспользовался употреблявшимися у них с давних времен знаками, пометами на вещах.

Миссионерская деятельность Стефана у зырян проходила с большими трудностями. Особенно сопротивлялись его проповеди языческие жрецы, а среди них некий жрец Пам: «Лют супротивник преподобному и злоратоборец велик, неукротим супостат и боритель». Стефан и Пам как-то спорили друг с другом день и ночь, забыв о сне и пище, пока не решили доказать истинность своей веры и ложность противника испытанием огнем и водой. При большом стечении народа разожгли большой костер, прорубили две проруби во льду, в которые после испытания огнем должны были спуститься спорившие, но язычник Пам убоялся испытаний и, посрамленный, удалился из зырянской земли, а Стефан одержал полную победу.

Деятельность его поддерживалась московскими князьями и церковными иерархами, и в 1383 г. он был рукоположен в сан епископа Пермского. На земле зырян епископ Стефан основывал школы, богадельни, монастыри, организовывал перевод книг на зырянский язык и их переписку. Он «во время трудные» раздавал голодающим свои деньги и хлебные запасы, делился с ними последним, охранял свою паству от нападений новгородцев-ушкуйников, соседних племен и от преследований московской администрации.