Поскольку резиденцией молодого царя стал Кремль, то усадьбу с 1613 года на Варварке стали именовать не иначе как «Старый государев двор, что на Варварском крестце или у Варвары-горы». Разбушевавшийся в мае 1626 года пожар не пощадил Москвы, огонь охватил и Государев Двор. Тем не менее после предпринятой переписи уцелевших строений выяснилось, что осталась «церковь древняя, двор, строение бояр Романовых»[10]. Под древней церковью подразумевался храм Знамения Пресвятой Богородицы.

Новый этап жизни усадьбы Романовых начался в 1629 году, когда по случаю рождения наследника престола – будущего самодержца Алексея Михайловича, был основан Знаменский монастырь, хотя ряд источников утверждают иное: обитель возникла в 1631 году в память о безвременной кончине матери царя, инокини Марфы Ивановны, в миру великой государыни Ксении Иоанновны Романовой. Так или иначе, своим указом Михаил Федорович отказал вновь учрежденному монастырю и Старый государев двор, и приписанные к нему угодья и земли. Вскоре, помимо усадебных строений, обитель приросла и новыми каменными зданиями, кельями и больницей.

Не только первый царь из династии Романовых немало поспособствовал расцвету монастырской жизни, но и его родня. Монастырь богател пожертвованиями представителей царской семьи. По большим праздникам отмечавшие обитель своим присутствием царь с боярами в сопровождении патриарха непременно выстаивали церковные службы – вечерни, всенощные, обедни. Как пишет М.И. Пыляев: «Перед праздником на Сытном дворе наливалась в монастырь лампада воску. От монастыря в этот день подносились иконы Знамения Богородицы со святою водою в вощанках всем членам царской фамилии, патриарху и именитым боярам»[11].

Именно к царю Алексею Михайловичу обратился с просьбой о помощи после опустошительного московского пожара 1668 года игумен Арсений: «Бьют челом богомольцы твои Знаменского монастыря, что на вашем Государевом старом дворе твое царское богомолие – монастырь – выгорел со всеми монастырскими службами и с запасьем, на церквах кровли обгорели и ваше государское старинное строение – палаты – от ветхости и от огня развалились, а нам, богомольцам твоим убогим, ныне построить нечем; место скудное; погибаем вконец»[12].

Вскоре заново отстроили новый пятиглавый собор, а также и палаты, а вместо деревянного частокола сложили каменную ограду. Однако серьезное влияние на долговечность монастырских построек оказывали специфические природные условия, недаром еще в XV веке это место называли Псковской горой. Для усиления слабого грунта фундамент и собора, и палат укрепляли дубовыми сваями. Монастырь нуждался в периодическом обновлении.

«В царствование императора Петра Знаменский монастырь претерпел многие невзгоды; в это время слабость грунта и косогор оказали свое действие на каменные здания и ограду монастырскую. Крыши тоже разрушились. Вдобавок в 1704 году сюда поместили колодников и арестантов с солдатами, в кельях у задних ворот. Последние криком и прошением милостыни отгоняли богомольцев от монастыря; к довершению бед последовавший в 1720 году указ о каменных мостовых вконец разорил этот монастырь, окруженный со всех четырех сторон улицами; имея еще в городе, за Москвою-рекою, землю, он должен был вымостить более 500 квадр. саж. Троицкий пожар 1737 года, испепеливший большую и лучшую часть Москвы, нанес также немалый вред монастырю»[13].

В дальнейшем, однако, внимание Романовых к родовому гнезду ослабло, чему способствовал и перенос столицы в Санкт-Петербург сыном Алексея Михайловича, царем Петром Алексеевичем. Правда, дочь Петра I Елизавета в 1743 году, вскоре после восшествия на трон, приказала помочь монастырю в обновлении его хозяйства и восстановить родовые палаты Романовых.