Первые достоверные сведения о селе относятся к 1573 г. В это время Рубцово, находившееся в Васильцове стану, значилось вотчиной стольника Протасия Васильевича Юрьева. Его отец, боярин Василий Михайлович Юрьев, по мнению историков, был одним из инициаторов опричнины. Приходясь двоюродным братом первой жене Ивана IV Анастасии, он занял видное положение при дворе. В опричнине служил и Протасий. Но его карьера закончилась печально: в октябре 1575 г. он был казнен, обвиненный в измене. Несмотря на это, Рубцово осталось в роду Юрьевых. Согласно явочному списку 1584 г., оно принадлежало двоюродному дяде казненного Никите Романовичу Юрьеву, владельцу соседнего Измайлова. Никита Романович приходился дедом царю Михаилу Романову, и позднее село перешло в собственность царской семьи.

После Смутного времени Рубцово быстро возвышается и растет. В 1615 г. в присутствии государя Михаила Федоровича в селе освятили деревянный храм во имя Николая Чудотворца. А в 1619 г., по обету государя в память избавления Москвы от войск польского королевича Владислава, заложили каменный Покровский храм. Строительство, продолжавшееся несколько лет, было завершено к 1626 г., году свадьбы царя с Евдокией Стрешневой.

В отличие от Никольской церкви, ставшей приходской, Покровский храм вошел в царскую усадьбу. В XVII в. он получил статус собора, а его причт содержался на государевой руге. В 1657 г. здесь вел службу патриарх Никон, «собинный друг» царя Алексея Михайловича. По храму село стало именоваться Покровским-Рубцовым, а затем просто Покровским. Царская усадьба обустраивалась при царе Михаиле Федоровиче.

Государь приезжал в свою подмосковную усадьбу в основном весной и летом, часто во время охотничьего сезона. Царские «потехи» перемежались с медвежьими боями и показом диковинных слонов. Но с 1665 г. дворцовые разряды почти не отмечают «выходов» государя в Покровское – Алексей Михайлович занимается обустройством Измайлова, часто посещает Семеновское и Преображенское. Покровское достается его сестре царевне Ирине. Она возводит на краю села деревянную церковь во имя Ирины великомученицы.

Новый расцвет усадьбы связан с императрицей Елизаветой Петровной, которая, удаленная от двора Анной Иоанновной, в молодости жила здесь со своими родственниками Скавронскими и Гендриковыми. Еще будучи принцессой, она в 1733 г. перестраивает дворец в дереве.

Став императрицей, Елизавета приглашает к работам в любимой подмосковной усадьбе крупного русского зодчего М. Г. Земцова. Последний в 1742–1743 гг. возвел одноэтажный каменный дворец с двухсветным залом, повторив прежнюю композицию. Напротив дворца, на левом берегу Рыбинского пруда, архитектор поставил роскошную деревянную церковь Воскресения (1742).

Спустя десять лет, в 1752 г., императрица заказывает новую перестройку усадьбы знаменитому Ф. Б. Растрелли, автору Зимнего дворца в Петербурге. Зодчий составляет проект надстройки и фасада. Считается, что перестройка не была осуществлена. Однако Растрелли приписывают разбивку усадебного регулярного сада (1752), а сам зодчий относил дворец к числу своих построек.

Время Екатерины II стало периодом упадка Покровской усадьбы. Императрица посещала Покровское всего несколько раз. К приезду 1763 г. у дворца соорудили катальную гору (архитектор Василий Неелов), начатую годом раньше. С конца XVIII в. усадебные земли стали сдаваться в аренду частным лицам.

Крупные предприятия стали появляться здесь уже в эпоху Петра I. В 1719 г. организуется казенный прядильный двор по изготовлению тонкой пряжи.