В период Смутного времени Красное было фактическим ключом к Москве. Это хорошо понимал царь Василий Шуйский, который, борясь с «тушинским вором», в 1609 г. приказал «быти в Красном селе для оберегания от воров изменников воеводе Никите Михайлову сыну Пушкина да Нелюбу Васильеву сыну Огареву». С ними было более 600 стрельцов, около 300 ратников и 10 пищалей. Осознавал стратегическое положение села и самозванец. В 1609 г. Красное село было сожжено казачьим атаманом Гороховым, который переметнулся из стана Шуйского в лагерь «тушинского вора». В итоге конец царя был предопределен.

Неизвестный художник. Троицын день в Красном селе. 1840-е гг.

После Смуты село медленно восстанавливалось. К 1638 г. в нем считали 118, а в 1646 г. – 120 дворов. В XVII в. был заселен ближайший участок дороги к поселению, где сегодня пролегает Нижняя Красносельская улица. С 20-х гг. XVII в. упоминается стоявшая на ней деревянная Покровская церковь, при которой в конце того же столетия появился придел Николая Чудотворца. По близости ручья Ольховец за ней вскоре закрепилось наименование «на Ольховце». В 1730 г. был напечатан указ о строительстве каменного храма: предполагалось прибавить новый придел Иоанна Предтечи. Церковь неоднократно перестраивалась впоследствии, пока ее классический облик не был закреплен в 1838 г. мастерством О. И. Бове. Покровская церковь являлась главной доминантой южной половины села, где группировалась большая часть поселения.

В северной части главной была Крестовоздвиженская церковь. В 1692 г. на месте прежней деревянной была построена каменная, которую чаще именовали по приделу Тихвинской иконы Божией Матери.

Красносельский дворец в XVII в. не был значительным архитектурным явлением, как Коломенский или Преображенский. Он включал в себя деревянные жилые покои, придворную церковь Спаса и службы. Хоромы располагались на северном берегу пруда и фасадом выходили на водоем. В 1747 г. дворец ремонтировался под началом известного архитектора Ивана Мичурина. В 1776 г. церковь Спаса была упразднена «за ветхостью» и разобрана, а утварь передали в храм дворцового приселка Гольяново. В 1790 г. сломали последние остатки деревянного дворца, а его место стали сдавать на откуп частным лицам.

В конце XVII в. в Красном считали 220 дворов. Кроме дворцовых крестьян здесь жили подьячие, сокольники, ловцы, купцы, стольник и думный дьяк. В середине и конце XVIII в. к югу от Красного пруда, по берегам речки Чечеры, проходили народные гулянья. Здесь стояло много качелей и других увеселений. В 1759 г. Ж.-Б. Локателли был построен деревянный театр. В 1759 г. командированные из Петербурга в Москву для устройства театра актеры Ф. Г. Волков и Я. Д. Шумский ставили в «Локателлиевом доме» русские спектакли.

Прокладка в 1742–1747 гг. Камер-Коллежского вала фактически очертила новую границу Москвы, в которую включалось и Красное село. С этого времени оно окончательно стало терять сельский уклад. В конце XVIII в. здесь считали 80 домовладельцев, т. е. на протяжении почти столетия население держалось на одном уровне. Около половины дворов принадлежало чиновникам и военным, а около четверти – купцам.

В Земляном городе, между нынешними Сретенкой и Мясницкой, расположился Панкратьевский переулок, названный так по находившейся здесь в XVII в. черной Панкратьевской слободе. Она была названа так, очевидно, по церкви Святого Панкратия, известной в сохранившихся документах с 1620 г. В ней жили по преимуществу скорняки. Они работали на дому и имели свои лавки в Скорняжном ряду, где торговали готовыми изделиями.