Та же тенденция к централизации содержания узников наблюдается в Новое время у австрийских францисканцев и капуцинов, в монастырях венецианских францисканцев или у картезианцев. Регенсбургский картезианский монастырь, например, принимает преступников из Эль-Паулара, Эрфурта и Данцига91. В Клюнийском ордене роль тюрьмы постоянно играют несколько монастырей: в 1672 году Сен-Марсель в Шалоне, около 1693 года – Куэнси. Генеральный капитул 1701 года четко называет в числе монастырских тюрем такие монастыри, как аббатство Клюни, монастырь Святого Мартина в Полях, аббатства в Куэнси, Ла Вут-Шийяке и Ганагоби, иначе говоря, четыре монастыря строгого соблюдения и один – древнего обряда. В конгрегации Святого Мавра самых непокорных монахов отправляют в аббатство Мон-Сен-Мишель, слывшее «морской бастилией» еще до того, как в XIX веке здесь устроили тюрьму для осужденных на длительные сроки92.

Хотя наказание тюремным заключением становится все более и более распространенным, оно продолжает вызывать вопросы и сопротивление. Начиная с XIII века канонисты утверждают, что высшее духовное лицо, назначающее наказание низшему (в том числе заключающее его в тюрьму), не должно ни подвергаться автоматическому отлучению от церкви, ни считаться иррегулярным93. Так, францисканец Джон Пекхэм считает, что прелат, создавший для заключенного условия, приведшие к его смерти, не должен считаться иррегулярным94. Тем не менее в XV веке некоторые настоятели продолжают адресовать папской курии прошения, с тем чтобы убедиться, что они не отлучены от церкви и не считаются иррегулярными95. Дискуссии продолжатся в Новое время: многочисленные канонисты, такие как Томас Санчес (1550–1610), Просперо Фаньяни (ум. 1661) или Леопольд Пилати (1705–1755), обсуждают вопрос о том, следует ли считать убийцей прелата (настоятеля, аббата или приора), допустившего гибель заключенного в тюрьме96.

Дело в том, что начиная с XIII века церковные власти рассматривают дурное обращение с заключенными и неправомерное назначение наказания в виде заключения в тюрьму как злоупотребления97, и во время визитов инспекторы строго следят за условиями содержания в темницах. В 1279 году во время визита в бенедиктинский приорат Бардни посланцы архиепископа Кентерберийского выводят из узилища заключенных туда монахов и спрашивают у них, «кто они, по какой причине и с какого времени здесь находятся и как их содержат?». Порой заключенные пользуются случаем пожаловаться на мотивы и условия тюремного заключения. В 1319 году Уильям де Рос, бенедиктинский монах из Глостера, приносит епископу Вустерскому жалобу на своего аббата, который без законной причины посадил его под замок и содержал в очень суровых условиях, лишая порядочного обращения, возможности читать книги, говорить с монахами, подвергаться кровопусканию и прочим вещам, необходимым для достоинства человеческого и монашеского. Устанавливаются специальные процедуры надзора, такие, например, как в 1494 году в Бурсфельдской реформированной конгрегации: если аббат решается посадить преступника под замок, прибывшие с визитом обязаны отправиться на место происшествия и узнать, объясняется ли проступок монаха одним лишь его грехом или же в нем виновен настоятель, дурно управляющий монастырем98.

Отчеты о епископских визитах, равно как и прошения, отправленные в папскую курию, содержат порой жалобы монахов, показывающие, как тяжело переносили эти люди, хотя и привыкшие жить взаперти в монастыре, тюремное заключение. В 1413 году апостольская канцелярия получает прошение от Джона Эндрю (Бозарда), бывшего приора августинского приората Крайстчёрч в Твайнхеме. Его обвинили в заговоре против нового приора и приговорили к пожизненному тюремному заключению. Он сумел бежать и оправдывает свое бегство тем, что после трех лет, проведенных в смрадной темнице, начал бояться за свою жизнь. Разумеется, обличение невыносимых условий содержания призвано извинить бегство, которое по всем законам карается очень строго, но оно свидетельствует также и о том, как ужасна тюрьма. В этом случае, как и во многих других, заключенные протестуют против несправедливости, против произвола настоятелей, а равно и против причиненных им физических страданий (холод, голод, темнота, пыточные условия существования в тесноте). Особенно резкую критику вызывает, наряду с плотскими мучениями, позорный характер тюремного заключения. Так, Элипда Виллебайон, бенедиктинка из Суассонской епархии, в 1371 году обращается к папе Григорию XI с жалобой на свою аббатису, которая по злобе заключила ее «в ужаснейшую темницу и обрекла на тяжкие лишения, словно преступницу». Мало того что тюремное заключение подвергает опасности физическое здоровье монаха, оно еще и наносит урон его чести