Пять заводчиков, приведшие толпу к Кремлю, были высечены кнутом. На всякий случай перевели из Кириллова монастыря на Соловки несчастного старца Стефана – слепого царя Симеона Бекбулатовича. Главного заговорщика – Петра Шереметьева, судили, но наказали мягко, отправив на воеводство в Псков. Больше пострадал Филарет Романов, вместе с Шереметьевым готовивший в Угличе прах царевича Дмитрия к перевозке. Уже выдвинутый в патриархи, он так и остался митрополитом. Шуйский подыскал нового патриарха – митрополита Гермогена. 1 июня 1606 г. состоялось венчание Василия на царство: венчал его Исидор – митрополит Новгородский (Гермоген, ещё не патриарх, был в Казани).

3 июня в Москву было торжественно доставлено тело царевича Дмитрия. Вместе с телом привезли «писмо», заверяющее о целительной силе мощей царевича. Когда в Угличе открыли мощи, храм наполнился неизъяснимым благоуханием; тело было цело – мощи явили нетление; сохранилась одежда и ожерельице на шее, низанное жемчугом, только на сапожках носки подошв отстали. В руке царевич держал орешки, залитые яркой кровью. Вновь открыли тело: царица Марфа не могла промолвить ни слова, а царь Василий возгласил, что привезенное тело есть мощи царевича. 3 июня гроб с телом Дмитрия был выставлен в Архангельском соборе. На мощах сменили одежду, на грудь положили политые кровью орешки. В соборе мать царевича, обливаясь слезами, просила простить обман, что называла самозванца сыном. Василий сказал, что прощает её и просит митрополита и весь освященный собор молиться, чтобы Господь освободил душу Марфы от грехов.

Начались чудесные исцеления: в первый день исцелились 12 человек, на следующий – 13. При каждом новом чуде по Москве звонили в колокола. По городам разослали грамоту, где извещалось о новом угоднике, о покаянии Марфы и ещё раз – о самозванце – губителе православия. Хотя канонизация Дмитрия являлась доказательством лживости самозванца, Василий не сразу отказался от прежнего своего заключения о нечаянном самоубийстве царевича.[68] В грамоте, разосланной по городам, было написано, что несчастье в Угличе произошло «по зависти Бориса Годунова», но царевич сам «ако агня незлобиво заклася». Здесь же упоминались «злодеи его и убийцы», получившие воздаяние. В том же 1606 г. Дмитрия объявили святым, и царь Василий уже не сомневался в убийстве царевича. Но случился конфуз: недруги царя запустили в церковь умирающего и он скончался у гроба царевича. Пошли разговоры об обмане, о мнимобольных, якобы исцеленных. Говорили даже, что в гробе не Дмитрий, а стрелецкий мальчик по имени Ромашка, что отцу заплатили за него большие деньги, убили и положили на место царевича. Из-за слухов доступ к телу закрыли.

Царь Василий сделал всё возможное, чтобы уверить народ в самозванстве предшественника и законности своего избрания, но успехов достиг скромных. Многие остались при мнении, что царь Дмитрий был сыном Ивана Грозного, а Шуйский – преступник, захвативший царский престол. Другие соглашались, что «Дмитрий» – самозванец, но не прощали Шуйскому, что его выкликнули «не советова со всею землею». Немалое число людей верило, что Дмитрий Иванович спасся, а вместо него убили одного поляка, и что скоро истинный государь предъявит свои права.

Война с Болотниковым. Царя Василия не приняли на юге, особенно, на Северщине. Служилые люди здесь с самого начала стояли за царя «Дмитрия», получили от него немалые льготы и боялись, что новый царь их всего лишит. Дальнейшую смуту постарались привнести люди, не простившие Шуйскому смерть «Дмитрия». Сразу после его гибели из Москвы бежал дворянин Михаил Молчанов, один из приближенных самозванца. Молчанов выскользнул из столицы и поспешил к границе, по пути распуская слух, что он спасшийся царь. В Польше он нашел приют в Самборе, в замке жены Мнишека. Выдавать себя за царя он мог среди людей, не видевших «Дмитрия». Русские посланники прознали, что самборский самозванец «возрастом [ростом] не мал, рожеем смугол, нос немного покляп [горбатый], брови черны, не малы, нависли, глаза невелики, волосы на голове черны курчевавы….ус чорн, а бороду стрижет, на щеке бородавка с волосы». Посланники говорили, что «подлинно вор Михалко Молчанов таков рожеем, а прежней был вор рострига рожеем не смугол, а волосом рус».