Прямое финансирование, выделение премий и стипендий творческим и научным коллективам, отдельным ученым может осуществляться через благотворительные фонды. Примером является Американский благотворительный фонд поддержки информатизации образования и науки, действующий в России. Одна из приоритетных задач Фонда – содействие деятельности в сфере образования, науки, культуры, искусства, просвещения, духовному развитию личности. Еще один пример – Charities Aid Foundation (CAF) – благотворительный фонд, учрежденный в Великобритании в 1924 г. CAF работает в широком спектре направлений, среди которых организация грантовых конкурсов и проведение исследований. Благотворительный фонд «Научное партнерство» – это профессиональная общественная организация, объединяющая ученых США, Канады, Пакистана, Индии, Греции, Японии, стран СНГ, Балтии, Европы для взаимной помощи, широкомасштабного партнерства по различным направлениям биотехнологии, включающим создание и изучение биологически активных соединений и лекарственных препаратов.

Ряд фондов создается в виде международных организаций. Фонд Форда – независимая, неприбыльная, неправительственная международная организация, уже не имеющая отношения к компании «Форд Мотор Компани». Фонд ставит своей задачей развитие международного сотрудничества, распространение достижений человечества. Его представительства открыты во многих странах мира. Московское представительство Фонда Форда ежегодно выделяет небольшое число грантов и нередко поддерживает одну организацию на протяжении нескольких лет. Международный фонд «Научный потенциал» с центральным офисом в Лондоне проводит ежегодные конкурсы на получение финансовой поддержки работ в области экономики, физики, информационных и компьютерных технологий.

Банки и частные фонды также оказывают содействие в развитии МНТС.

Европейский банк реконструкции и развития осуществляет проектное финансирование предприятий, компаний, вкладывая средства в новые производства и развитие уже действующих фирм. Банком реализуется программа «ТАМ», предусматривающая развитие коммерческого и технического ноу-хау на уровне руководителей высшего звена на малых и средних предприятиях.

Один из наиболее опытных частных фондов прямых инвестиций в России – Quadriga Capital Russia («Квадрига»). За последние двенадцать лет 19 российских компаний получили от фонда инвестиций на сумму более 100 млн. долл. США. С целью развития компаний «Квадрига» осуществляет инвестиции в их аукционный капитал.

Функционируют в стране и специализированные фонды, финансирующие исследования только в одной определенной области. Например, некоммерческий фонд «Глобальная энергия» призван содействовать международному сотрудничеству в развитии фундаментальных и прикладных научных исследований в области энергетики.

Государственные фонды поддержки науки также содействуют МНТС.

Российский гуманитарный научный фонд ежегодно проводит ряд совместных конкурсов научных проектов, например, с Центром греко-российских исторических исследований, Национальным научным советом Тайваня, Немецким научно-исследовательским сообществом, Фондом «Дом Наук о Человеке» (Франция), Вьетнамской академией общественных наук, Министерством образования, культуры и науки Монголии, Национальной академией наук Украины, Белорусским республиканским фондом фундаментальных исследований и др.

Российский фонд фундаментальных исследований проводит совместные конкурсы с Немецким научно-исследовательским сообществом, Национальным центром научных исследований Франции.