Многие набивались к Парацельсу в обучение, движимые надеждой получить секрет создания философского камня. Большая часть из них через какое-то время теряла интерес к учению и разочарованная возвращалась к своим привычным занятиям. Иоганн Опорин, в будущем известный издатель и книготорговец, считался ближайшим последователем Парацельса и в течение трех лет был его ассистентом и секретарем. Так случилось, что один из самых ярых недоброжелателей Парацельса каноник Корнелиус сильно занемог и вынужден был обратиться к своему противнику, суля за излечение огромную сумму. Парацельсом никогда не владела жажда обогащения, но, когда выздоровевший каноник отсчитал ему жалкие шесть гульденов, врач впал в негодование и подал на пациента в суд, который в иске, впрочем, отказал. Тогда разъяренный Парацельс пишет в магистрат письмо, в котором последними словами поносит городскую власть. Немного остыв, он решает переписать послание в более спокойном тоне, но прежнее письмо находит Иоганн Опорин и, сопроводив его обвинениями учителя в ереси, тайно передает в магистрат. В результате, спасаясь от преследования оскорбленных властей, в июле 1528 года Парацельс спешно покидает Базель, взяв с собой только самое необходимое.

В конце 1528 года Парацельс добирается до города Кольмар. Но дольше полугода задержаться в нем в силу своей неуживчивости ученому не удается. Тогда он уезжает к родственникам в Эслинген. Слава мага, владеющего алхимическими секретами, возбуждает нездоровый интерес горожан, но, когда становится ясно, что целью экспериментатора является отнюдь не получение золота или эликсира бессмертия, его фактически выставляют из дома. В 1530 году Парацельс прибывает в Нюрнберг. Страшащиеся конкуренции местные медики тут же распускают о нем слухи как о мошеннике и проходимце. Тогда он во всеуслышание просит дать ему возможность без какого-либо вознаграждения излечить самых безнадежных больных в городе – и блестяще справляется с задачей. Цензорная коллегия выдает Парацельсу разрешение на печатание четырех трудов. Но, к несчастью, ученый вновь переходит дорогу влиятельным шарлатанам. В одной из публикуемых работ он в свойственной ему грубоватой манере развенчивает модный метод лечения сифилиса с помощью гваякового дерева. Узнав об этом, поставщики этого экзотического и дорогого растения заставляют власти приостановить печатание книг Парацельса. К протестам и жалобам автора цензоры остались глухи, чем вынудили его снова собираться в дорогу.

Половину 1531 года ученый проводит в Санкт-Галлене, где спасает от тяжелого недуга местного бургомистра. За это время ему удается написать два трактата: «Парамирум» и «О невидимых болезнях». С 1532 по 1534 год Парацельс странствует по горным деревням и лечит крестьян. «Оборванный и загорелый дочерна», он добирается до Инсбрука, где намеревается заняться врачебной практикой, но власти отказывают ученому. Парацельсу не остается ничего, кроме как продолжить скитания. В Штерцинге бушует чума, врач спешит туда, и ему удается справиться с эпидемией. Однако благодарности за это ученый не получает: слишком тяжел тянущийся за ним шлейф еретика и нарушителя спокойствия.