Вечером 21 июня Политбюро ЦК ВКП(б) принимает решение о создании Южного фронта (9-я и 18-я армии), полевое управление которого формировалось на базе штаба Московского военного округа. Этим же решением Жукову поручалось руководство Южным и Юго-Западным фронтами, а Мерецкову – Северо-Западным фронтом. В 20 часов 50 минут по вызову Сталина в Кремль приехали Тимошенко и Жуков, имея с собой проект директивы о приведении войск в полную боевую готовность. По указанию Сталина она была тут же доработана и подписана Тимошенко, Жуковым и членом Главного военного совета Г.М. Маленковым. В директиве за № 1, адресованной военным советам Ленинградского, Прибалтийского Особого, Западного Особого, Киевского Особого, Одесского военных округов и в копии – наркому Военно-Морского Флота, отмечалось, что 22–23 июня возможно внезапное нападение немцев с провокационной целью. Поэтому требовалось не поддаваться на провокационные действия, могущие вызвать крупные осложнения.

Одновременно быть в полной боевой готовности, чтобы встретить возможный внезапный удар вермахта или его союзников. В ночь на 22 июня скрытно занять огневые точки укрепрайонов на госгранице, рассредоточить перед рассветом по полевым аэродромам и замаскировать авиацию, держать войска рассредоточенно и замаскированно. Наряду с этим привести в боевую готовность ПВО без дополнительного подъема приписного состава, подготовить мероприятия по затемнению городов и объектов[29].

В десять часов вечера 21 июня в Генштаб поступает сообщение начальника штаба Прибалтийского Особого военного округа генерала П.С. Кленова о завершении немцами строительства мостов через Неман и о занятии ими исходного положения для наступления[30]. Начальник штаба Западного Особого военного округа генерал В.Е. Климовских докладывает, что проволочные заграждения немцев, еще днем стоявшие вдоль границы, к вечеру сняты, а в лесу, расположенном недалеко от границы, слышен шум моторов. Начальник штаба Киевского Особого военного округа генерал М. А. Пуркаев передает информацию перебежчика о выходе войск вермахта в исходные районы для наступления, которое начнется утром 22 июня.

В связи с тревожными сообщениями нарком иностранных дел СССР В.М. Молотов пригласил германского посла графа Ф. фон Шуленбурга и заявил ему, что Германия без всякого на то основания с каждым днем ухудшает отношения с СССР. Немецкие самолеты продолжают вторгаться в ее воздушное пространство. Ходят упорные слухи о предстоящей войне между Советским Союзом и Германией. У правительства СССР есть все основания верить этому, потому что германское руководство никак не отреагировало на сообщение ТАСС от 14 июня. Фон Шуленбург обещал немедленно сообщить обо всех претензиях своему правительству, хотя отлично знал, что войска вермахта приведены в полную боевую готовность и ждут сигнала на наступление.

В 00 часов 30 минут 22 июня началась передача в зашифрованном виде директивы № 1 в округа. На ее расшифровку требовалось определенное время. А ведь была возможность передать в округа ранее установленный сигнал: «Приступить к выполнению плана прикрытия 1941 г.», что заняло бы всего несколько минут. В штаб Западного Особого военного округа директива поступила в ноль часов 45 минут. Через 15 минут командующий округом генерал армии Д.Г. Павлов доложил наркому обороны о непрерывном движении немецких мотомеханизированных колонн в Сувалкский выступ. Получив совет не паниковать, собрать утром штаб, а если будут отдельные провокации – позвонить, Павлов приказал командармам привести войска в боевое состояние и занять все сооружения боевого типа, и даже недостроенные железобетонные укрепления. Командующие 3, 10 и 4-й армиями и ВВС округа доложили Павлову, что войска и авиация готовы к бою. В 2 часа 25 минут и 2 часа 35 минут директива, полученная из Москвы, была направлена в штабы армий.