Хорошо защищённая гавань в устье Тежу ещё 3000 лет назад считалась важнейшим торговым перекрёстком на западном побережье Пиренейского полуострова. Немудрено, что возникший тут город превратился в столицу Португалии, после того как в 1256 году стал местом пребывания королевского двора.

Корабли с богатым грузом возвращаются домой в Лиссабон (гравюра на меди, 1547 г.).

В XIII веке король Диниш велел осушить бухту Тежу, простиравшуюся в то время до нынешней площади Россиу, и закончить строительство собора. А в 1290 году он основал первый университет, который, правда, уже через несколько лет был перенесён в Коимбру из-за трений, возникших между простыми горожанами и привилегированными студентами.

В 1344 году Лиссабон впервые пережил сильное землетрясение. После восстановления этот цветущий торговый город стал быстро расти, и вскоре старые городские стены оказались ему тесны. Во второй половине XIV века Фернанду I велел возвести «Фернандинскую городскую стену» с 77 башнями и 34 воротами. Она охватывала территорию между крепостью и собором общей площадью примерно 1 км2.

Во время правления Ависской династии Португалия превратилась в морскую державу всемирного масштаба. Открытия португальцев в Бразилии, Африке, Индии и Восточной Азии принесли стране несметные богатства, которые вызвали настоящий строительный бум в позднеготический период. Мануэль I построил на берегу Тежу новую королевскую резиденцию, а район порта, в котором раньше из-за угрозы паводков размещали только складские корпуса и рынки, был преобразован в новый городской центр. Период расцвета завершился, когда в 1580 году португальская корона временно перешла к испанскому королю Филиппу II. После 1640 года, когда Португалия освободилась от испанского господства, началась новая фаза роста, финансируемая за счёт разработки алмазных приисков в Бразилии. Король Жуан V (1706–1750 гг.) вкладывал эти богатства в строительство монастыря Мафра, в то время как население Лиссабона своими налогами оплачивало строительство большого водопровода. Знать возводила себе дворцы и театры, тогда же возник Оперный театр.

1 ноября 1755 года Лиссабон был разрушен землетрясением, волна от которого докатилась до Дакара. В результате погибло более 60 000 человек, а из почти 20 000 зданий 17 000 превратились в груды развалин. Король Жозе I и его первый министр, будущий маркиз де Помбал, начали восстанавливать город в духе царивших тогда идей эпохи Просвещения. На том месте, где раньше стоял королевский дворец, в правильном шахматном порядке был расчерчен новый квартал Байша, «Нижний город». Площадь перед дворцом у реки Тежу превратилась в Торговую площадь, открытую со стороны реки – важнейшего торгового пути. Помбал провёл радикальные реформы: иезуиты и дворянство были лишены собственности, а их привилегии ограничены.

В XIX веке в ходе секуляризации и упразднения инквизиции началось переустройство общественных территорий. Монастырские сады превратились в парки, границы города расширились на север, были проложены широкие бульвары. Вновь свободно расцвела культурная жизнь, в кварталах Байша и Шиаду открылись элегантные магазины. На окраинах города появились промышленные предприятия, в 1856 году была открыта первая железнодорожная линия, и начали возникать так называемые «vilas», рабочие посёлки, такие как Эштрела д’Оуру (Estrêla d’Ouro) в Грасе.

Мигранты из бывших колоний – одна из характерных черт в облике Лиссабона.

Во второй половине столетия численность населения увеличилась втрое. К 1900 году Лиссабон насчитывал уже 400 000 жителей. Вдоль улицы Авенида да Република (Avenida da República), пронизывающей город с севера на юг, возникли Avenidas Novas, прекрасные широкие проспекты, на которых сегодня разместились офисы многих банков и новые бизнес-центры. Конка начала работать здесь ещё в 1873-м году, но в связи с бурным ростом города и потребностью в более скоростном и комфортабельном сообщении все её линии к 1902-му были реконструированы для движения трамваев (eléctricos) – по тем временам диковинной технической новинки. А для преодоления больших перепадов высот были построены «подъёмники»: электрические фуникулёры с вагончиками, очень похожими на трамвайные. Часть из этих маршрутов работает и по сей день.