Другим «сюрпризом» стала эффективность и безнаказанность действий немецкой авиации и беспомощность «сталинских соколов». А наши корабли отличались мощным артиллерийским и торпедным, но крайне слабым зенитным вооружением.

Советские флотоводцы не видели на море не только равноценного, но вообще никакого противника, а между тем теряли корабли чуть ли не ежедневно. 23 июня на переходе из Либавы в Усть-Двинск торпедой с немецкой субмарины была уничтожена подлодка М-78. 24–26 июня при оставлении Либавы пришлось взорвать эсминец «Ленин», подводные лодки С-1, М-71, М-80, М-83, «Ронис» и «Спидола». Командира эсминца капитан-лейтенанта Ю.М. Афанасьева, руководившего уничтожением стоявших в ремонте кораблей, за несанкционированную, а значит, наказуемую инициативу по приказу Трибуца расстреляли. Затем командование и политотдел базы с чистой совестью, «выполняя приказ Ставки», эвакуировались на катерах, оставив гарнизон «отражать бешеные атаки фашистов» и прорываться на Виндаву. Из окружения мало кому удалось вырваться. «Мы никогда не готовились к эвакуации наших баз, – сообщает бывший начальник штаба КБФ адмирал Н.А. Пантелеев, – и потому отступление из Либавы было трагическим. Осуждать за это кого-либо я не берусь. Мы пожинали плоды того, что посеяли: ведь мы собирались воевать «только на чужой территории». Флот потерял важнейшую военно-морскую базу, армия – 67-ю стрелковую дивизию и ее командира генерал-майора Н.А. Дедаева, погибшего при обороне города. По поводу дальнейшей судьбы защитников адмирал Пантелеев откровенно фантазирует: «Большинство моряков и пехотинцев остались во вражеском тылу, примкнули к партизанам и самоотверженно боролись с захватчиками до освобождения Прибалтики нашими войсками (!)».

Ушедшая из Либавы на прорыв, неспособная погружаться, подлодка С-3 под командованием капитан-лейтенанта Н.А. Костромичева была перехвачена двумя «шнелльботами» из состава 3-й флотилии и потоплена после получасового артиллерийского боя, на месте ее гибели немцы подобрали 20 человек. 27 июня в Рижском заливе катерами 2-й флотилии был атакован эскадренный миноносец «Сторожевой». Взрывом торпеды кораблю оторвало носовую часть вместе с надстройкой и мачтой, погиб командир капитан 3 ранга И.Ф. Ломакин и 84 члена экипажа, вторая половина эсминца осталась на плаву и была отбуксирована в Таллин, затем в Кронштадт. В тот же день германские катера тяжело повредили и захватили торпедный катер ТКА-47, а самолеты потопили ТКА-27. 28 июня в районе острова Даго подлодка U-149 торпедировала советскую М-99; в Данцигской бухте канула без вести С-10. В оставленной Виндаве немцам достались пять транспортов общим водоизмещением около 10 тысяч тонн.

1 июля у острова Вормси от взрыва донной мины затонула М-81, спаслось два человека, у острова Саарема – «приватизированный» в 1940 году вместе с Латвией тральщик Т-299 «Иманта». 6 июля подорвался на мине и мгновенно затонул Т-216, 7 июля – ТЩ-101 «Петрозаводск», 9-го – Т-890 «Налим». 16 июля подорвался эсминец «Страшный», взрывом была полностью разрушена носовая часть, корабль с трудом удалось отбуксировать в Кронштадт, до конца войны в море он не выходил. 18 июля на собственной мине подорвался СКР «Туча», корабль лишился руля и винтов, погибло 8 человек. При атаке на конвой противника артиллерийским огнем был уничтожен ТКА-123. Сутки спустя в Моонзундском проливе, получив прямое попадание авиабомбы в котельное отделение, взорвался и затонул эсминец «Сердитый», погибло 35 членов экипажа, ранения получили более 100 человек. 10 июля подорвался на мине и выбросился на берег транспорт «Расма» водоизмещением 3200 тонн. 21 июля немецкой подлодкой была торпедирована М-94 старшего лейтенанта Н.В. Дьякова, чудом спаслось одиннадцать моряков. В тот же день на минах погиб танкер «Железнодорожник». 22 июля в Рижском заливе в бою с немецкими катерами погиб ледокол «Лачплесис» и сопровождавший его ТКА-71, экипаж которого проявил исключительный героизм. На следующий день подорвался, но остался на плаву заградитель «Ристна». 26 июля финская канонерская лодка артиллерийским огнем потопила МЩ-238. 27 июля в Ирбенском проливе, прикрывая корабли, ставившие минные заграждения, подорвался и был добит торпедами эскадренный миноносец «Смелый». 29 июля подорвался на мине и затонул со всем экипажем ТЩ-51 «Змей», 30 июля – Т-201 «Заряд». 31 июля финской артиллерией был тяжело поврежден Т-203 «Патрон».