Помимо выполнения собственно оперативно-чекистских функций, оперативный состав особых отделов НКВД принимал участие в проведении операций по борьбе с парашютными десантами противника, по розыску и задержанию вражеских агентов, дезертиров, участников разного рода бандитско-повстанческих формирований.

Для решения этих задач в соответствии с приказом НКВД от 19 июля 1941 г. при особых отделах дивизий и корпусов были сформированы отдельные стрелковые взводы, при особых отделах армий – отдельные стрелковые роты, при особых отделах фронтов – отдельные стрелковые батальоны.

С 22 июня войска Закавказского военного округа (23 августа 1941 г. он был преобразован в Закавказский фронт), заместителем начальника Третьего отдела которого продолжал службу Петр Иванович Ивашутин, выполняли задачи по противодесантной обороне Черноморского побережья и прикрытия государственной границы СССР от Черного до Каспийского моря.

При отбытии в штаб фронта, Петр Иванович оставил семью – жену, двойняшек в Тбилиси, а позднее получил лишь известие, о том, что семья его отправлена в эвакуацию, но адрес ее конечного пункта назначения так и не дошел до него. Неизвестность, мысли о семье добавляли немало тревог Ивашутину в краткие часы отдыха, когда позволяла обстановка.

При этом Петр Иванович большое внимание уделял обучению нового пополнения личного состава особых отделов, подготовке его к выполнению служебных обязанностей в специфических условиях военного времени, в чем ему помогал полученный опыт ведения чекистской работы во время Советско-финской войны.

В связи с тем, что многие стратегические объекты на территории округа были приняты под охрану войсками, Петр Иванович с коллегами из территориальных органов госбезопасности («территориалами») налаживал меры оперативной защиты охраняемых объектов от диверсантов противника и бандгрупп, систему получения оперативной информации и разрабатывал планы оперативно-чекистского и войскового реагирования на выявленные угрозы (выброску групп десанта противника, преследование и осуществление поиска нападавших на объекты и т. д.).

Деятельность Ивашутина в Действующей армии – с сентября 1941 г. он назначен заместителем начальника Особого отдела Крымского фронта, а после его ликвидации – замначальника Особого отдела Черноморской группы войск Закавказского (с сентября 1942 г. по февраль 1943 г.), затем – Северо-Кавказского фронта, – протекала в одном, знакомом ему по предыдущей службе, географическом регионе.

Особым отделам фронтов обычно подчинялись, в зависимости от их состава, 5–10 особых отделов армий и 30‑40 особотделов частей и соединений (корпусов и дивизий), в каждом полку, штрафных ротах и батальонах имелись оперуполномоченные особых отделов. Эта категория военных контрразведчиков в боевых условиях находилась непосредственно на передовой, нередко вынужденно принимая на себя командование при гибели иных командиров или офицеров, в связи с чем потери личного состава в ней были особенно велики.

С первых дней Великой Отечественной войны обстановка на территории Закавказского военного округа значительно обострилась. В некоторых районах появлялись бандгруппы, стремившиеся установить связь как с активистами бывших политический партий (меньшевиков, дашнаков, мусаватистов и т. д.), так и с эмигрантскими организациями в Турции, Иране, Германии, Болгарии. Последние повсеместно использовались германской разведкой в качестве агентурного резерва для заброски в советский тыл и в том числе для попыток инспирирования «повстанческого движения» в тылах советских войск.