Не только пограничные войска НКВД СССР, но и все подразделения органов безопасности СССР с первых часов войны вступили в бой с врагом.

Сразу оговоримся, что в связи с началом военных действий 20 июля 1941 г. НКГБ и НКВД вновь были объединены в единый Народный комиссариат внутренних дел СССР.

В его структуре важнейшими оперативно-чекистскими подразделениями стали:

1-е управление (разведка за границей, П. М. Фитин);

2-е управление (контрразведка, П. В. Федотов);

3-е управление (секретно-политическое, Н. Д. Горлинский);

4-е управление (с февраля 1942 г. – организация борьбы с захватчиками на временно оккупированной советской территории, или, как тогда говорили – «зафронтовая работа», П. А. Судоплатов);

Управление особых отделов (УОО, В. С. Абакумов);

Транспортное управление (Б. З. Кобулов);

Экономическое управление (П. Я. Мешик);

Следственная часть по особо важным делам (Л. Е. Влодзимирский).

Уже первая директива НКВД СССР, датированная 22 июня 1941 г., ставила перед органами безопасности задачу предотвращения диверсий на объектах промышленности и транспорта. В дальнейшем эта задача, с учетом получаемых все новых данных о тактике действий противника, конкретизировалась в целом ряде директив и приказов по территориальным органам безопасности и по органам военной контрразведки.

Первым обстоятельным документом по линии военной контрразведки стала директива 3-го управления НКО СССР № 35523 от 27 июня 1941 г. о работе в военное время, подписанная майором госбезопасности А. Н. Михеевым. В ней всем начальникам 3-х отделов военных округов, фронтов, армий, корпусов и начальникам 3-х отделений дивизий предписывалось:

«В соответствии с требованиями, вызванными обстановкой военного времени, задачи, определенные Постановлением правительства от 8 февраля 1941 г. и положением о Третьем управлении НКО, требуют усиления агентурно-оперативной работы органов Третьего управления и дополнительных мероприятий, обеспечивающих охрану государственной безопасности и боеспособность частей Красной армии.

Впредь до получения Положения о работе органов Третьего управления НКО СССР в военное время руководствоваться следующим:

Функции органов Третьего управления НКО СССР в военное время должны слагаться из:

1) агентурно-оперативной работы:

а) в частях Красной армии;

б) в тылах, обеспечивающих действующие на фронте части;

в) среди гражданского окружения;

2) борьбы с дезертирством;

3) работы на территории противника…

Оперативная деятельность органов Третьего управления

1. Органы Третьего управления проводят работу по недопуску в армию и очистке армии от вражеского элемента.

2. По вскрытым фактам вражеских действий органы Третьего управления принимают решительные меры пресечения, вплоть до ареста.

3. Органы Третьего управления организуют борьбу с диверсионными группами и отдельными диверсантами противника, используя приданные им воинские подразделения.

4. По всем выявленным недочетам оперативный состав немедленно должен проинформировать командование и добиваться их устранения.

5. Органы Третьего управления срочно сообщают в вышестоящие органы Управления по всем недочетам в боевом обеспечении и политическом состоянии частей и о проявлениях вражеской деятельности и принятых мерах.

6. Органы Третьего управления производят дознание, расследование и следствие по всем фактам и случаям преступной деятельности как военнослужащих, так и лиц гражданского окружения по делам, связанным с военнослужащими:

а) по всем пунктам ст. 58 УК РСФСР и соответствующим статьям УК национальных республик;