Жан-Батист Бори де Сен-Венсан родился 6 июля 1778 года в Ажене, департаменте Ло-и-Гаронна на юго-западе Франции в исторической провинции Новая Аквитания, в семье мелкопоместных дворян Жеро Бори де Сен-Венсана и Мадлен, урожденной де Журну. Отец владел фермой, располагавшейся недалеко от родины знаменитого гасконца д’Артаньяна, где выращивал табак. Другие представители семейства в революционный период и позднее занимались юриспруденцией и адвокатурой в Ажене. Будучи убежденными роялистами, они высказывали крайне-враждебное отношение к новой власти. Во время Террора в 1793 году Бори де Сен-Венсаны подверглись репрессиям и были вынуждены скрываться в Ландах. В 1787 году Жан-Батист учился в коллеже Ажена, а затем в доме своего дяди де Журну-Обера, где и проявились его незаурядные способности к естественным наукам. В 1794 году, уже избрав для себя поприще натуралиста, Жан-Батист Бори де Сен-Венсан (ему едва исполнилось 15 лет) сыграл решающую роль в освобождении замечательного энтомолога Пьера-Андре Латрея, арестованного как римско-католического священника, авантюрным образом подкупив чиновников и вымарав его фамилию из списка заключенных, депортируемых в Бань-де-Кайен во французской Гвиане. Не стоит говорить, чего бы стоил подобный поступок для подростка из роялистской дворянской семьи, если бы его отчаянный план не увенчался успехом. Впоследствии Пьер-Андре Латрей (1762–1833) станет одним из наиболее выдающихся энтомологов своего времени, на протяжении оставшейся жизни являясь старшим другом и профессиональным наставником Жана-Батиста Бори де Венсана. Согласимся, что это яркое отрицание антиномии Моцарт-Сальери, когда талант помогает таланту, что развеивает мифологему, будто даровитый человек всегда одинок. Скорее, согласимся, одиноки злобные Сальери. Свои первые естественно-научные опыты и публикации Жан-Батист Бори де Сен-Венсан направлял в Академию Бордо уже с 1796 года, что продолжал делать, уже проходя обучение в Горной школе в Париже у геолога и минералога Деода Грате де Доломьё.
Виконт Франсуа Рене де Шатобриан, пэр Франции
После смерти отца, находясь в весьма стесненных материальных обстоятельствах, Жан-Батист Бори де Сен-Венсан поступил в 1799 году на военную службу благодаря рекомендации своего земляка из Ажена аристократа Жана-Жирара Лаке, графа Сессака, будущего министра военного управления при Наполеоне и пэра Франции. Службу он начинал в чине подпоручика в печально знаменитой Западной армии, прославившейся подавлением Вандейского восстания. В 1794 году этой армией несколько месяцев командовал нормандский дворянин Александр Дюма, отец знаменитого романиста Александра Дюма (впрочем, в бытность выдающегося писателя на Кавказе, его так и величали русские офицеры Сан-Санычем). Став офицером, Жан-Батист Бори де Сен-Венсан искренне проникся бонапартистскими идеалами, которые вскоре успешно отстаивал на полях сражений. Впрочем, его бонапартистские взгляды позднее изрядно пропитались правым либерализмом.
Его первая полноценная научная экспедиция состоялась по рекомендации известного французского зоолога и политика графа Бернара-Жермена де Ласепеде (1756–1825), уроженца Ажена, в 1800 году, когда Жан-Батист Бори де Сен-Венсан получил место штатного ботаника на одном из трех корветов, отправлявшихся в Австралию. Ставший офицером натуралист был назначен на судно, капитаном которого являлся замечательный мореплаватель и картограф Николя Боден (1754–1803), проведший свою короткую, но яркую жизнь во французских заморских территориях от Пондишери до Вест-Индии. После захода на Мадейру, Канарские острова и в Кабо-Верде и уже пересекши мыс Доброй Надежды Жан-Батист Бори де Сен-Венсан покидает судно капитана Николя Бодена из-за внезапного конфликта за столом, о котором-то и вспомнить нечего, и, перейдя на другой корабль, проводит в одиночку (с ограниченными средствами) исследование нескольких островов в морях у побережья Африки: все же авантюризма дворянскому отпрыску из Новой Аквитании было не занимать. В марте 1801 года он оказывается на острове Маврикии, откуда держит путь на остров Реюньон, где в октябре того же года совершает восхождение (2623 метра в высоту) на верхний кратер действующего вулкана Питон де ла Фурнез, первое научное описание которого принадлежит его перу. В декабре 1801 года он узнает о смерти профессора Деода Грате де Доломьё, еще трудясь над исследовательским отчетом о вулкане, одному из кратеров которого он присваивает имя этого замечательного французского геолога, минералога и своего наставника по Горной школе, но, разумеется, не забывает и себя, назвав верхний кратер Бори. На обратном пути он проводит естественнонаучные исследования на острове Святой Елены, совсем не подозревая, что здесь пройдут последние дни его любимого императора. Он возвратился во Францию 11 июля 1802 года, узнав, что его мать умерла, так и не дождавшись сына. В следующем году он издает Эссе о Счастливых островах древней Атлантиды, или Заметки по общей истории Архипелага Канарских островов, за что избирается корреспондентом Национального музея естественной истории в августе 1803 года. В 1804 году он публикует свое Путешествие на четыре главных острова Африканских морей, посвященное французскому военачальнику и сановнику Матье Дюма (1753–1837), а весной 1808 года становится корреспондентом первого класса Института Франции (секция физических наук). Кстати, рецензентом вышеупомянутого путешествия был Жан-Мари Дюфур (1780–1865), в будущем известный врач и натуралист, на естественнонаучный талант которого, пожалуй, первым обратил внимание Жан-Батист Бори де Сен-Венсан.