Попав в тюрьму, Герцен начинает с этой девушкой переписку. «Кто живет в Боге, того сковать нельзя», – подбадривает она своего друга. В тюрьме Герцен проводит девять месяцев, после чего заключенным «прочли, как дурную шутку, приговор к смерти, а затем объявили, что, движимый столь характерной для него, непозволительной добротой, император повелел применить лишь меру исправительную, в форме ссылки». Сперва Герцена отправили в Пермь, а через три недели – в Вятку с зачислением на службу канцеляристом у губернатора Тюфяева, типичного самодура администратора николаевских времен.

Спасло Герцена распоряжение министра внутренних дел об учреждении в России губернских статистических комитетов. На такую «неслыханную» службу пришлось пригласить «ученого кандидата», который, пользуясь случаем, выхлопотал разрешение работать на дому. Занятия статистикой дали возможность Герцену глубоко изучить народную жизнь, а также расстаться с многими романтическими иллюзиями, столь свойственными студенческой юности.

В 1837 году Вятку посещает наследник русского престола, путешествующий по России в сопровождении В. А. Жуковского и К. И. Арсеньева. Тюфяеву приказано к его приезду устроить выставку естественных богатств края, расположив экспонаты «по трем царствам природы». Герцен организует эту выставку и дает объяснения наследнику. Удивленные эрудицией молодого чиновника, Жуковский и Арсеньев проявляют к нему живой интерес, узнают его историю и обещают ходатайствовать перед императором о его возвращении из ссылки. Полным успехом это ходатайство не увенчалось, но Герцена перевели из Вятки во Владимир. Как раз к этому времени вышло правительственное постановление об открытии во всех губерниях «Губернских ведомостей» с приложением к ним так называемого «неофициального отдела». Владимирский губернатор Корнилов предложил Герцену заведование этим отделом. Для сбора материала пришлось много ездить по губернии, знакомиться с народным бытом, публиковать целый ряд статей экономического и этнографического содержания.

Весной 1838 года Герцен тайно наезжает в Москву и увозит Наталию Александровну Захарьину во Владимир, где 9 мая венчается с нею. В июле того же года с Герцена снимают полицейский надзор. Он посещает Москву, знакомится с В. Г. Белинским, М. А. Бакуниным, Т. Н. Грановским. Под влиянием новых друзей он начинает усиленное изучение философии Гегеля, которое приводит его к радикальным выводам. «Философия Гегеля – алгебра революции, она необыкновенно освобождает человека и не оставляет камня на камне от мира христианского, от мира преданий, переживших себя». Чтение книги Фейербаха «Сущность христианства» довершает процесс перехода Герцена с религиозно-мистических на атеистические позиции: «Мне не суждено было подняться на третье небо, я родился совершенно земным человеком… Дневной свет мысли мне роднее лунного освещения».

После двухмесячного пребывания в Москве, в мае 1840 года, Герцен переезжает в Петербург на службу в канцелярию Министерства внутренних дел. Он сближается в столице с К. И. Арсеньевым, В. Ф. Одоевским, И. И. Панаевым. Под влиянием Герцена Белинский преодолевает «примирение с действительностью», связанное с неверным толкованием знаменитого тезиса Гегеля: «все действительное разумно, все разумное действительно». Не все, что существует, является действительным. Крепостное право, полицейский бюрократический режим – это, по Герцену, явления «призрачной» действительности, начисто лишенные всякой разумности.

В конце 1840 года эта действительность вновь предъявляет Герцену свои права. В Петербурге будочник убил прохожего. История эта облетела весь город и стала притчей во языцех: о ней говорили вслух как об одной из главных петербургских новостей. В письме к отцу Герцен сообщил о ней. Письмо перлюстрировали, нашли его содержание крамольным и назначили Герцену новую ссылку в Вятку. Лишь ходатайство влиятельных родственников и знакомых привело к замене Вятки на Новгород с одновременным повышением по службе. В Новгороде Герцен был определен на должность советника губернского правления. Там он заведовал делами о злоупотреблениях помещичьей властью, о раскольниках и о лицах, состоящих под надзором полиции, к числу которых принадлежал и он сам. Призрачная действительность и впрямь оказалась лишенной разума. Служба не приносила Герцену никакого удовлетворения. В 1842 году, благодаря хлопотам друзей, он добился наконец отставки, переехал в Москву, где и прожил до 1847 года последний, и самый счастливый, период своей жизни в России. Это было время напряженной духовной работы, когда в спорах между западниками и славянофилами оттачивалась самобытная русская мысль.