2. 10-й отдельный дивизион подводных лодок (7 ПЛ) – Геленджик, Туапсе, Поти.

3. Охрана водного района в составе: 6-й дивизион тральщиков (6 тральщиков, минный заградитель, 9 катеров-тральщиков) – Новороссийск, Туапсе; 10-й дивизион сторожевых кораблей (2 вымпела) – Туапсе; дивизион канонерских лодок (3 вымпела) – Новороссийск; 4-й дивизион сторожевых катеров (11 вымпелов) – Новороссийск.

4. Новороссийский базовый район ПВО: 6 зенитных артиллерийских дивизионов 76,2 – 85-мм орудий, прожекторный батальон и рота, батальон ВНОС и ПВО – Анапа, Новороссийск, Геленджик.

5. Анапский укрепленный сектор береговой обороны: 5 стационарных и подвижных батарей 102 – 152-мм орудий, артиллерийский дивизион – 4 батареи 76,2 – 152-мм орудий – Анапа, Новороссийск.

6. Стрелковые части: 323-й и 142-й отдельные батальоны морской пехоты – Фальшивый Геленджик – Кабардинка.

С 17 августа 1942 г. база в составе Новороссийского оборонительного района обороняла Новороссийск. С возникновением угрозы захвата города база была перебазирована в Геленджик.

В начале февраля 1943 г. корабли и части базы участвовали в высадке морского десанта, в захвате плацдарма в районе Мысхако – Станичка, перевозили различные грузы для войск 18-й армии во время 7-месячной героической обороны Малой земли.

В период с 9 сентября по 9 октября 1943 г. база участвовала в боевых действиях Северо-Кавказского фронта и Черноморского флота по освобождению Новороссийска и Таманского полуострова.

Во время Крымской операции 1944 г. Новороссийская ВМБ обеспечивала боевые действия Черноморского флота и Азовской военной флотилии, а также морские перевозки между портами Кавказа и Крыма.

В послевоенный период в конце 1940-х годов военно-морская база была расформирована, и на ее основе была создана 109-я бригада кораблей охраны водного района, которая в свою очередь была упразднена в 1956 г.

В связи с разделом флота и передислокацией его сил из Поти, ликвидацией в перспективе Крымской и Керченско-Феодосийской военно-морских баз в 1994 г. был сформирован Новороссийский военно-морской район. Задачи района заключались в обустройстве, создании системы базирования, строительстве объектов и развитии инфраструктуры на территории Краснодарского края, поддержании благоприятного оперативного режима в зоне ответственности, организации взаимодействия с СКВО, Черноморским флотом, отдельным корпусом ПВО и пограничным отрядом, организации материально-технического снабжения сил ЧФ в Крыму.

1 сентября 1997 г. район был переформирован в Новороссийскую ВМБ. В состав базы включены противолодочные и противоминные соединения и части, береговые ракетные части, тыл, учреждения обеспечения и обслуживания базы. Ее задачей стало поддержание благоприятного оперативного режима в своей зоне ответственности.

Командиры Новороссийской ВМБ

Капитан 1 ранга Александров А. П. – 1941; Капитан 1 ранга Фролов А. С. – 1941; Контр-адмирал Холостяков Г. Н. – 1941—1944; Капитан 1 ранга Зубков А. И. – 1944—1945; Вице-адмирал Орлов Е. В. – 1995—2001; Вице-адмирал Рогатин В. И. – 2001—2004; Вице-адмирал Меняйло С. И. – 2004—2009.

В период Великой Отечественной войны были созданы также Батумская и Очаковская военно-морские базы. В ходе войны расформировывались одни и формировались другие базы – Туапсинская, а на западном побережье Черного моря – Констанцская.